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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ide
タイトルCrystal structure of the Vibrio cholera VqmA-Ligand-DNA complex provides molecular mechanisms for drug design
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')
  • Transcriptional regulator LuxR family
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Vibrio cholera / Quorum sensing / transcription regulator / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / PAS domain / PAS domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-dimethylpyrazin-2-ol / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator LuxR family / Transcriptional regulator LuxR family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Wu, H. / Li, M.J. / Guo, H.J. / Zhou, H. / Li, B. / Xu, Q. / Xu, C.Y. / Yu, F. / He, J.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570740 中国
National Natural Science Foundation of China81330076 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of theVibrio choleraeVqmA-ligand-DNA complex provides insight into ligand-binding mechanisms relevant for drug design.
著者: Wu, H. / Li, M. / Guo, H. / Zhou, H. / Li, B. / Xu, Q. / Xu, C. / Yu, F. / He, J.
履歴
登録2018年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator LuxR family
B: Transcriptional regulator LuxR family
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0206
ポリマ－68,7714
非ポリマー2482
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.780, 108.980, 214.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator LuxR family


分子量: 28868.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6WEL7, UniProt: A0A655PXP1*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 5526.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 5508.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#4: 化合物 ChemComp-A1U / 3,5-dimethylpyrazin-2-ol / 3,5-ジメチルピラジン-2-オ-ル


分子量: 124.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.55 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 3.85% polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.165 M K2HPO4/NaH2PO4 pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→53.58 Å / Num. obs: 43223 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 564429 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.51-2.5813.21.67531200.790.4751.74399.8
11.23-53.589.90.045660.9950.0140.04396.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998: ???精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
CRANK2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→43.326 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 1997 4.63 %
Rwork0.1915 --
obs0.1932 43108 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.46 Å2 / Biso mean: 96.4558 Å2 / Biso min: 53.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→43.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3575 732 18 6 4331
Biso mean--69.14 69.95 -
残基数----490
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7627-0.80930.18522.0229-1.06231.55070.32350.8063-0.1302-0.444-0.1245-0.1514-0.11520.1537-0.10590.67320.0239-0.02070.8795-0.04840.73613.028628.19556.5193
22.64160.3288-0.00762.41170.93992.5851-0.04180.1112-0.0451-0.2728-0.0471-0.1833-0.18020.24940.11110.6362-0.00560.04360.7733-0.0060.737612.012128.900117.0418
31.50780.94790.8124.83181.39343.17980.0525-0.040.14420.5850.1597-0.03360.0443-0.3616-0.24520.82950.08590.06350.8942-0.02970.7546-2.502731.154241.602
41.9943-0.5906-0.28642.7818-0.77383.28250.0719-0.03470.0620.6368-0.020.2453-0.471-0.216-0.05750.79640.04930.02710.6705-0.06750.67590.19733.215641.5039
53.5036-0.32961.37071.3375-1.13742.6229-0.1179-0.1948-0.1401-0.21480.1010.09450.382-0.76170.0320.5973-0.07610.08020.8084-0.08640.6794-9.647423.611115.8805
62.0369-0.08440.32572.9225-1.02192.89120.05960.1001-0.33360.3389-0.0359-0.30710.35140.113-0.00720.97530.06020.06110.84340.04790.9314-0.855315.493342.0268
71.15990.0621-0.44070.93430.05990.17670.2012-0.17020.62260.90950.1201-0.593-0.1015-0.111-0.30092.0477-0.2149-0.05840.90990.09851.1261-5.91424.415859.2026
81.8431.0276-0.17615.26340.31412.4810.874-0.4808-0.10351.7903-1.2177-0.41550.4439-0.12680.21441.8763-0.0831-0.10091.1426-0.020.99610.862625.85263.5266
90.9461-1.16911.35284.49281.23584.7214-0.0597-0.13130.18640.9615-0.33820.90710.99110.82550.38442.18940.09270.04911.1457-0.13020.98843.005449.027263.5779
102.0403-0.09350.05421.41650.44391.70910.12160.0636-0.98841.46440.10490.3358-1.7372-0.2576-0.35411.68730.1557-0.0691.16360.00541.14856.733442.797459.1657
112.50881.82470.85513.53820.49832.13580.595-0.4771-0.13761.8757-0.8572-0.6016-0.2955-0.38190.21881.9664-0.1195-0.02661.05670.14851.02490.56321.010663.3849
120.41281.1136-1.23186.4398-0.74235.598-0.2065-0.9730.41181.4931-0.9097-1.8902-0.8813-0.21390.96912.0273-0.1889-0.22341.28050.2371.2753-2.4113-1.73263.3538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 33 )A2 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 120 )A34 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 180 )A121 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 238 )A181 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 135 )B2 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 136 through 236 )B136 - 236
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 6 through 15 )C6 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 16 through 18 )C16 - 18
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 6 through 15 )D6 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 16 through 18 )D16 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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