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万見
- PDB-6id4: Defining the structural basis for human alloantibody binding to h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6id4
タイトルDefining the structural basis for human alloantibody binding to human leukocyte antigen allele HLA-A*11:01
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Heavy chain
  • Light chain
  • MHC class I antigen
  • peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lescar, J. / Wong, Y.H. / Liew, C.W. / Gu, Y. / MacAry, P.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Defining the structural basis for human alloantibody binding to human leukocyte antigen allele HLA-A*11:01.
著者: Gu, Y. / Wong, Y.H. / Liew, C.W. / Chan, C.E.Z. / Murali, T.M. / Yap, J. / Too, C.T. / Purushotorman, K. / Hamidinia, M. / El Sahili, A. / Goh, A.T.H. / Teo, R.Z.C. / Wood, K.J. / Hanson, B.J. ...著者: Gu, Y. / Wong, Y.H. / Liew, C.W. / Chan, C.E.Z. / Murali, T.M. / Yap, J. / Too, C.T. / Purushotorman, K. / Hamidinia, M. / El Sahili, A. / Goh, A.T.H. / Teo, R.Z.C. / Wood, K.J. / Hanson, B.J. / Gascoigne, N.R.J. / Lescar, J. / Vathsala, A. / MacAry, P.A.
履歴
登録2018年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 2.02020年10月28日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Heavy chain
D: Light chain
E: MHC class I antigen
F: Beta-2-microglobulin
H: Heavy chain
L: Light chain
T: peptide
U: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,29220
ポリマ－184,30110
非ポリマー99110
水14,466803
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
H: Heavy chain
L: Light chain
U: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,63910
ポリマ－92,1515
非ポリマー4895
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area36190 Å2
手法PISA
2
C: Heavy chain
D: Light chain
E: MHC class I antigen
F: Beta-2-microglobulin
T: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,65310
ポリマ－92,1515
非ポリマー5035
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11030 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area36290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.560, 215.330, 80.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31986.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6IQY1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 TU

#5: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 1013.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
抗体 , 2種, 4分子 CHDL

#3: 抗体 Heavy chain


分子量: 23629.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Light chain


分子量: 23642.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 813分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1,4-Dioxane, Tris pH 8.2, Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→48.69 Å / Num. obs: 79954 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 68.79 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.39→2.41 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 12545 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W72

1w72


解像度: 2.4→45.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.353 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.247
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3997 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 79940 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3015 Å20 Å2-2.9029 Å2
2--3.9228 Å20 Å2
3----0.6213 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12761 0 65 808 13634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113220HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2317980HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4422SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes309HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1917HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13220HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1679SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14328SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 287 5 %
Rwork0.2387 5453 -
all0.24 5740 -
obs--93.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9015-0.0745-0.25231.02190.19630.9525-0.0083-0.06950.1201-0.0732-0.00980.1167-0.1846-0.20990.0181-0.13740.0218-0.0937-0.0335-0.0001-0.1279-15.6692-4.123416.6226
22.32430.0011-0.40252.84510.63531.00670.04420.02570.65570.02770.0756-0.229-0.3530.0459-0.1198-0.05860.008-0.0812-0.15190.01640.0481-2.30459.541915.8883
33.2066-0.4122-0.60780.17450.2551-0.0714-0.05630.1068-0.038-0.02040.0503-0.12450.0214-0.14940.006-0.08320.0449-0.00260.00850.042-0.0416-19.728750.7915-28.6469
43.36780.1685-0.27740.16710.3653-0.0377-0.0782-0.63960.2786-0.25550.1133-0.1416-0.14470.0578-0.0351-0.07590.0351-0.01250.08620.0113-0.1129-15.740557.7912-11.3726
50.99080.0950.38610.87460.17980.98720.0788-0.0909-0.0750.1175-0.00220.16810.2724-0.402-0.0766-0.1402-0.05890.00810.04850.0208-0.1679-73.916150.1263-17.119
61.9354-0.53560.36794.4240.31511.33520.0692-0.0714-0.4767-0.10370.035-0.32550.48250.1036-0.1043-0.0602-0.01160.0031-0.1510.06270.0152-60.107937.1445-16.158
72.69710.41690.5080.57940.17460.04530.0771-0.1882-0.05410.0136-0.021-0.222-0.0172-0.1841-0.0561-0.0992-0.0408-0.05480.05020.0217-0.088338.3208-3.980328.8031
82.8118-0.44590.89070.57890.4040.10490.07270.3681-0.12320.27760.0621-0.21960.17260.1584-0.1348-0.0935-0.0155-0.13570.11160.0166-0.104442.5738-10.704211.5366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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