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- PDB-6ic9: Crystal structure of the SPOC domain of human PHF3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ic9
タイトルCrystal structure of the SPOC domain of human PHF3 in complex with RNA polymerase II CTD diheptapeptide phosphorylated on Ser2Ser7
要素
  • PHD finger protein 3
  • TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO-SEP-TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO
キーワードTRANSCRIPTION / SPOC domain / PHF3 / pSER2 peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex ...microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / : / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / DNA-directed RNA polymerase activity / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / promoter-specific chromatin binding / Transcriptional regulation by small RNAs / DNA-templated transcription termination / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / kinase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. ...Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / PHD finger protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.748 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Kaufmann, T. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Ebenwaldner, C. / Sebesta, M. / Beltzung, E. ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Kaufmann, T. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Ebenwaldner, C. / Sebesta, M. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, M. / Pavri, R. / Stark, A. / Akalin, A. / Stefl, R. / Bernecky, C. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: PHF3 regulates neuronal gene expression through the new Pol II CTD reader domain SPOC
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Bruno, M. / Grishkovskaya, I. / Kasiliauskaite, A. / Schoeberl, U.E. / Puchinger, M.G. / Kostrhon, S. / Beltzung, E. / Mechtler, K. / Lin, G. / Vlasova, A. / Leeb, M. / Pavri, R. / Stark, A. / Akalin, A. / Stefl, R. / Bernecky, C. / Djinovic-Carugo, K. / Slade, D.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 3
B: PHD finger protein 3
C: TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO-SEP-TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO
D: TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO-SEP-TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9774
ポリマ－39,9774
非ポリマー00
水3,153175
1
A: PHD finger protein 3
C: TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO-SEP-TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9892
ポリマ－19,9892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
2
B: PHD finger protein 3
D: TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO-SEP-TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9892
ポリマ－19,9892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.215, 68.106, 100.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 3


分子量: 18211.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF3, KIAA0244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92576
#2: タンパク質・ペプチド TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO-SEP-TYR-SEP-PRO-THR-SER-PRO


分子量: 1777.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24928*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.748→49.1 Å / Num. obs: 39627 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 35.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.753 / Num. unique obs: 1968 / CC1/2: 0.223 / Rpim(I) all: 1.476 / Rrim(I) all: 3.143 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3150精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.748→49.1 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 1947 4.94 %
Rwork0.1948 --
obs0.1967 39408 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.77 Å2 / Biso mean: 40.8204 Å2 / Biso min: 21.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.748→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2513 0 0 175 2688
Biso mean---47.48 -
残基数----315
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7482-1.79190.40811140.37212386250090
1.7919-1.84040.38341300.332827002830100
1.8404-1.89450.31091510.286926172768100
1.8945-1.95570.33331230.25472662278599
1.9557-2.02560.25921460.232826712817100
2.0256-2.10670.23451260.22362648277499
2.1067-2.20260.27431450.199426932838100
2.2026-2.31870.24331510.202126662817100
2.3187-2.46390.26031380.207827112849100
2.4639-2.65420.24011450.198726792824100
2.6542-2.92120.26251420.197127072849100
2.9212-3.34390.24081410.187627182859100
3.3439-4.21260.20431490.16752743289299
4.2126-49.12410.19771460.18012860300699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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