PDB-6ial: Porcine E.coli heat-labile enterotoxin B-pentamer in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ial

タイトル

Porcine E.coli heat-labile enterotoxin B-pentamer in complex with Lacto-N-neohexaose

要素

Heat-labile enterotoxin B chain

キーワード

TOXIN / porcine / heat-labile enterotoxin / ETEC / E.coli / lectin / complex / X-ray crystal structure / carbohydrate / protein-carbohydrate interaction / ligand / Lacto-N-neohexaose

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Heim, J.B. / Heggelund, J.E. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Specificity ofEscherichia coliHeat-Labile Enterotoxin Investigated by Single-Site Mutagenesis and Crystallography.
著者: Heggelund, J.E. / Heim, J.B. / Bajc, G. / Hodnik, V. / Anderluh, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ial.cif.gz	454.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ial.ent.gz	372.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ial.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ial_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ial_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ial_validation.xml.gz	46.3 KB	表示
CIF形式データ	6ial_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ial ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ial	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1djrS 2xrq 2xrs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q1g-1 1ct1-d 3pm5-1 3q1g-4 3pm5-3 5lzj-d 3pf7-2 5eld-d 1ii0-2 3n94-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

D: Heat-labile enterotoxin B chain

E: Heat-labile enterotoxin B chain

F: Heat-labile enterotoxin B chain

G: Heat-labile enterotoxin B chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

A: Heat-labile enterotoxin B chain

B: Heat-labile enterotoxin B chain

C: Heat-labile enterotoxin B chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

J: Heat-labile enterotoxin B chain

ヘテロ分子

121 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Heat-labile enterotoxin B chain

E: Heat-labile enterotoxin B chain

F: Heat-labile enterotoxin B chain

G: Heat-labile enterotoxin B chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.6 kDa, 5 ポリマー
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2

A: Heat-labile enterotoxin B chain

B: Heat-labile enterotoxin B chain

C: Heat-labile enterotoxin B chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

J: Heat-labile enterotoxin B chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.079, 65.587, 96.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 103 / Label seq-ID: 1 - 103

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 DEFGHABCIJ

#1: タンパク質

Heat-labile enterotoxin B chain / LT-B / porcine / LTP-B

分子量: 11807.539 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eltB, ltpB / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32890

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-6]DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2-3-2/a4-b1_b3-c1_b6-e1_c4-d1_e4-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 662分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 20 % w/v PEG 6000, 0.2 M lithium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→68.73 Å / Num. obs: 160263 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / R_merge(I) obs: 1.151

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DJR

1djr

解像度: 1.45→68.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.2 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20087	7973	5 %	RANDOM
R_work	0.17524	-	-	-
obs	0.17653	152246	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.45→68.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8130	0	173	645	8948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	8961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.682	1.666	12168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.393	1.583	20024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	15.187	5.188	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.517	23.756	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.407	15	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.905	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.543	0.804	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.543	0.804	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.262	1.179	5482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.262	1.179	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.34	1.377	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.339	1.377	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.423	1.798	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.594	11.542	9975
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.599	11.324	9886
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	D	2979	0.13
1	2	E	2979	0.13
2	1	D	3004	0.14
2	2	F	3004	0.14
3	1	D	2959	0.13
3	2	G	2959	0.13
4	1	D	3101	0.12
4	2	H	3101	0.12
5	1	D	3136	0.09
5	2	A	3136	0.09
6	1	D	2936	0.15
6	2	B	2936	0.15
7	1	D	2962	0.14
7	2	C	2962	0.14
8	1	D	2964	0.14
8	2	I	2964	0.14
9	1	D	3061	0.12
9	2	J	3061	0.12
10	1	E	3169	0.13
10	2	F	3169	0.13
11	1	E	3031	0.12
11	2	G	3031	0.12
12	1	E	3065	0.14
12	2	H	3065	0.14
13	1	E	3017	0.14
13	2	A	3017	0.14
14	1	E	3260	0.1
14	2	B	3260	0.1
15	1	E	3112	0.14
15	2	C	3112	0.14
16	1	E	3016	0.13
16	2	I	3016	0.13
17	1	E	3024	0.15
17	2	J	3024	0.15
18	1	F	2971	0.11
18	2	G	2971	0.11
19	1	F	3012	0.15
19	2	H	3012	0.15
20	1	F	2970	0.14
20	2	A	2970	0.14
21	1	F	3086	0.13
21	2	B	3086	0.13
22	1	F	3193	0.11
22	2	C	3193	0.11
23	1	F	3001	0.1
23	2	I	3001	0.1
24	1	F	3000	0.14
24	2	J	3000	0.14
25	1	G	2970	0.12
25	2	H	2970	0.12
26	1	G	2961	0.13
26	2	A	2961	0.13
27	1	G	2996	0.12
27	2	B	2996	0.12
28	1	G	2962	0.13
28	2	C	2962	0.13
29	1	G	3050	0.1
29	2	I	3050	0.1
30	1	G	2952	0.12
30	2	J	2952	0.12
31	1	H	3076	0.12
31	2	A	3076	0.12
32	1	H	2987	0.14
32	2	B	2987	0.14
33	1	H	2979	0.15
33	2	C	2979	0.15
34	1	H	2931	0.13
34	2	I	2931	0.13
35	1	H	3273	0.09
35	2	J	3273	0.09
36	1	A	2923	0.15
36	2	B	2923	0.15
37	1	A	2935	0.15
37	2	C	2935	0.15
38	1	A	2922	0.14
38	2	I	2922	0.14
39	1	A	3038	0.12
39	2	J	3038	0.12
40	1	B	3104	0.13
40	2	C	3104	0.13
41	1	B	2962	0.14
41	2	I	2962	0.14
42	1	B	2972	0.15
42	2	J	2972	0.15
43	1	C	3133	0.12
43	2	I	3133	0.12
44	1	C	3113	0.14
44	2	J	3113	0.14
45	1	I	2911	0.13
45	2	J	2911	0.13

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	584	-
R_work	0.277	11137	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0988	-0.1588	-0.0486	2.6059	0.1604	1.8028	-0.0202	0.0694	-0.0321	-0.0998	0.028	-0.1487	0.0377	0.1361	-0.0078	0.0056	0.0001	0.0065	0.0167	-0.0036	0.0104	29.1385	-28.0577	32.8996
2	1.0007	0.1065	-0.3424	1.6105	0.0743	2.7364	0.0405	0.0478	-0.0401	-0.0615	-0.009	-0.1807	0.1089	0.2414	-0.0315	0.0195	0.0114	0.0059	0.0438	-0.0097	0.0238	29.1284	-27.6758	11.0509
3	2.1649	0.0205	0.1177	2.976	-0.3434	1.5916	0.0341	0.1562	0.0922	-0.2198	-0.0218	-0.2088	-0.0792	0.1644	-0.0123	0.0382	-0.0058	0.0212	0.0681	0.0101	0.0208	28.1573	-6.7564	4.5325
4	0.8696	0.2408	0.1693	2.3624	0.5301	2.2151	-0.0128	-0.0003	0.071	0.0284	0.0088	-0.175	-0.1366	0.1465	0.0041	0.0279	-0.0079	0.0039	0.025	0.0136	0.0405	28.1535	6.0086	22.7441
5	1.4259	-0.302	0.8172	1.3586	-0.1556	1.5792	0.021	0.0427	-0.0243	0.0046	-0.0064	-0.1323	0.0503	0.105	-0.0146	0.0104	-0.0034	0.0043	0.0124	-0.0053	0.0185	30.8951	-7.5439	40.7652
6	1.5024	-0.0693	0.0347	2.2929	-0.0977	1.9979	-0.0051	-0.0212	-0.1396	-0.0109	0.0409	0.1446	0.1644	-0.1661	-0.0358	0.039	-0.0052	-0.0108	0.0498	-0.0021	0.0255	-5.8007	-27.4053	11.8139
7	1.3629	-0.1658	-0.1924	1.4154	-0.2037	2.7655	0.0544	0.0014	-0.0588	0.0254	-0.0294	0.1632	0.1155	-0.2028	-0.0249	0.0111	-0.013	-0.0033	0.0194	0.0021	0.0282	-5.3807	-29.0749	33.5668
8	1.1167	0.0581	0.1033	2.3777	0.5673	1.551	0.0177	-0.0245	0.0714	0.0479	-0.0184	0.2017	-0.0949	-0.1954	0.0008	0.0099	0.015	0.01	0.0487	0.0074	0.025	-5.0643	-8.9262	41.9481
9	1.1255	0.0059	0.3102	2.3344	-0.5341	2.6716	-0.0302	-0.0242	0.1376	-0.0402	0.0383	0.2234	-0.2455	-0.2049	-0.0081	0.0589	0.0202	0	0.0458	0.0026	0.0667	-5.66	5.5987	25.3345
10	1.5661	0.2853	0.9019	0.9339	0.1285	1.5334	0.0042	0.0282	-0.0007	-0.0636	0.0015	0.1049	-0.0318	-0.0551	-0.0057	0.0546	0.0153	-0.0024	0.0422	0.0219	0.0322	-7.9793	-6.1682	6.024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	1 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	1 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	1 - 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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