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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i9x | ||||||
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タイトル | urate oxidase under 35 bar of argon | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / aspergillus flavus / homotetramer / purine metabolism / argon / high pressure | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prange, T. / Colloc'h, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization 著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / Girard, E. / Colloc'h, N. #1: ![]() タイトル: Protein-noble gas interactions investigated by crystallography on three enzymes - Implication on anesthesia and neuroprotection mechanism. 著者: Colloc'h, N. / Marassio, G. / Prange, T. #2: ![]() タイトル: Gas-sensitive biological crystals processed in pressurized oxygen and krypton atmospheres: deciphering gas channels in proteins using a novel 'soak-and-freeze' methodology 著者: Lafumat, B. / Mueller-Dieckmann, C. / Leonard, G. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Giraud, T. / Dobbias, F. / Royant, R. / van der Linden, P. / Carpentier, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6i9zC ![]() 6ia1C ![]() 6ia3C ![]() 6ia9C ![]() 6ic1C ![]() 6rgmC ![]() 7p0cC ![]() 7p0dC ![]() 7p0gC ![]() 7pufC ![]() 7pwnC ![]() 7q09C ![]() 1r51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 6 RESIDUES AT THE C-END NOT OBSERVED IN THE DENSITY: SER-LEU-LYS-SER-LYS-LEU 296- ..... ...-301 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#3: 化合物 | ChemComp-AR / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % / 解説: LARGE COLORLESS PRISMS |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 8 詳細: 20 microliter of protein (15 mg/ml) mixed with 20 microliter of solution: Tris 0.05M (chloride free) + 4% PEG 4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→14.78 Å / Num. obs: 53681 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Num. unique obs: 5277 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1R51 解像度: 1.6→14.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.315 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.568 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→14.78 Å
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拘束条件 |
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