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- PDB-6i9k: Crystal structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to 9-cis retinal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9k
タイトルCrystal structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to 9-cis retinal
要素Kumopsin1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Rhodopsin / GPCR / Light-sensitive / Retinal
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / visual perception / G protein-coupled receptor activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Opsin lateral eye type / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Opsin lateral eye type / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Kumopsin1
類似検索 - 構成要素
生物種Hasarius adansoni (アダンソンハエトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.145 Å
データ登録者Varma, N. / Mutt, E. / Muehle, J. / Panneels, V. / Terakita, A. / Deupi, X. / Nogly, P. / Schertler, F.X.G. / Lesca, E.
資金援助 フランス, スイス, 4件
組織認可番号国
European UnionITN 637295
Human Frontier Science ProgramRGP0034/2014 フランス
Swiss National Science Foundation173335 スイス
European Communitys Seventh Framework ProgrammeFP7/2007-2013
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of jumping spider rhodopsin-1 as a light sensitive GPCR.
著者: Varma, N. / Mutt, E. / Muhle, J. / Panneels, V. / Terakita, A. / Deupi, X. / Nogly, P. / Schertler, G.F.X. / Lesca, E.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kumopsin1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,80313
ポリマ－42,5961
非ポリマー4,20612
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.955, 130.638, 77.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Kumopsin1 / Rhodopsin-1 (JSR1)


分子量: 42596.293 Da / 分子数: 1 / 変異: C-tail 1D4 epitope (ETSQVAPA) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-19, 257-262 and 336-380 are not modelled due to lack of electron density
由来: (組換発現) Hasarius adansoni (アダンソンハエトリ)
遺伝子: HaRh1 / プラスミド: pcDNA 3.0(+) / 詳細 (発現宿主): stable cell line / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B1B1U5
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 % / 解説: Rectangular plate like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 400, Bis-Tris pH6.5 / Temp details: Crystallization set up at 4 then moved to 20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.773 Å / Num. obs: 18992 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.39 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Num. unique obs: 938 / CC1/2: 0.537 / % possible all: 51.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z73

2z73


解像度: 2.145→46.773 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 1167 6.15 %Random Selection
Rwork0.2146 ---
obs0.2172 18977 69.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.69 Å2 / Biso mean: 39.1137 Å2 / Biso min: 20.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.145→46.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 153 54 2605
Biso mean--49.72 39.76 -
残基数----310
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.145-2.24230.27849188
2.2423-2.36050.292945490
2.3605-2.50840.320885151647
2.5084-2.70210.3204201293093
2.7021-2.9740.26782030.21823189100
2.974-3.40420.25042080.2143317199
3.4042-4.28850.22022040.1923313698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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