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万見
- PDB-6i9b: NMR structure of the La module from human LARP4A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9b
タイトルNMR structure of the La module from human LARP4A
要素La-related protein 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / La-related proteins / LARPs / PABP-binding protein / La module
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) binding / regulation of cell morphogenesis / post-transcriptional regulation of gene expression / cytoskeleton organization / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / translation / RNA binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
LARP4, RNA recognition motif / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
La-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Conte, M.R. / Martino, L. / Atkinson, R.A. / Kelly, G. / Cruz-Gallardo, I. / De Tito, S. / Trotta, R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Royal SocietyNF140482 英国
European Molecular Biology OrganizationALT400-2010 英国
European Commission655341 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: LARP4A recognizes polyA RNA via a novel binding mechanism mediated by disordered regions and involving the PAM2w motif, revealing interplay between PABP, LARP4A and mRNA.
著者: Cruz-Gallardo, I. / Martino, L. / Kelly, G. / Atkinson, R.A. / Trotta, R. / De Tito, S. / Coleman, P. / Ahdash, Z. / Gu, Y. / Bui, T.T.T. / Conte, M.R.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年7月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5771
ポリマ－20,5771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 4 / La ribonucleoprotein domain family member 4


分子量: 20576.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP4, PP13296 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II / 参照: UniProt: Q71RC2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic33D 1H-15N NOESY
132isotropic23D 1H-13C NOESY
141isotropic32D 1H-15N HSQC
152isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
162isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D HNCA
1122isotropic13D HN(CO)CA
1112isotropic23D HN(CA)CB
1102isotropic23D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HNCO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1400 uM [U-99% 15N] RNA binding protein, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution2400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA binding protein, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMRNA binding protein[U-99% 15N]1
400 uMRNA binding protein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 100 mM KCl mM / Label: conditions_1 / pH: 7.25 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichstructure calculation
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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