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- PDB-6i7l: Crystal structure of monomeric FICD mutant L258D complexed with M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i7l
タイトルCrystal structure of monomeric FICD mutant L258D complexed with MgAMP-PNP
要素Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
キーワードTRANSFERASE / Fic / AMPylation / UPR / BiP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / AMPylase activity / protein adenylylation / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / protein adenylyltransferase / negative regulation of GTPase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / response to unfolded protein / Hsp70 protein binding ...protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / AMPylase activity / protein adenylylation / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / protein adenylyltransferase / negative regulation of GTPase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / response to unfolded protein / Hsp70 protein binding / response to endoplasmic reticulum stress / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat ...Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein adenylyltransferase FICD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Perera, L.A. / Yan, Y. / Read, R.J. / Ron, D.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K50127X/1 英国
Wellcome Trust200848/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust082961/Z/07/Z 英国
Wellcome Trust100140 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: An oligomeric state-dependent switch in the ER enzyme FICD regulates AMPylation and deAMPylation of BiP.
著者: Perera, L.A. / Rato, C. / Yan, Y. / Neidhardt, L. / McLaughlin, S.H. / Read, R.J. / Preissler, S. / Ron, D.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9823
ポリマ－39,4511
非ポリマー5312
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomeric by gel filtration, equilibrium centrifugation, Monomeric by fluorescent detection system sedimentation velocity analytical ultracentrifugation (FDS-SV-AUC)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.358, 186.358, 77.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-718-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenosine monophosphate-protein transferase FICD / AMPylator FICD / De-AMPylase FICD / FIC domain-containing protein / Huntingtin yeast partner E / ...AMPylator FICD / De-AMPylase FICD / FIC domain-containing protein / Huntingtin yeast partner E / Huntingtin-interacting protein 13 / HIP-13 / Huntingtin-interacting protein E


分子量: 39451.051 Da / 分子数: 1 / 変異: L258D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FICD, HIP13, HYPE, UNQ3041/PRO9857 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express lysY/Iq
参照: UniProt: Q9BVA6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Sodium Chloride; 10% Ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→93.18 Å / Num. obs: 34573 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3351 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u0u

4u0u


解像度: 2.32→93.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.373 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25095 1660 4.8 %RANDOM
Rwork0.21453 ---
obs0.21635 32586 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20.36 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.32→93.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 0 32 184 2909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.6543820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1241.5736045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.215339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36721.456158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49115497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4051523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1185.981350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1045.9771349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5288.9671691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5288.9721692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4156.261469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4156.2591467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1919.262130
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78970.5313247
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.70370.323177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 95 -
Rwork0.338 2388 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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