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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i6i | ||||||
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タイトル | Circular permutant of ribosomal protein S6, adding 6aa to C terminal of P68-69, L75A mutant | ||||||
![]() | 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / strand swap / local unfolding / cis-proline. | ||||||
機能・相同性 | ![]() small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Exposing the distinctive modular behavior of beta-strands and alpha-helices in folded proteins. 著者: Wang, H. / Logan, D.T. / Danielsson, J. / Oliveberg, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 320.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 320.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11946.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsF, TTHA0245, rpsF, rps6, TT_C1740 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium sulphate 0.1 M Tris pH 8.5 40% v/v PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→44.25 Å / Num. obs: 25756 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 304038 / Scaling rejects: 316 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1Ris 解像度: 1.5→44.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.988 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.092 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.48 Å2 / Biso mean: 27.15 Å2 / Biso min: 17.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→44.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.497→1.536 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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