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万見
- PDB-6i69: Circular permutant of ribosomal protein S6, adding 5aa to C termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i69
タイトルCircular permutant of ribosomal protein S6, adding 5aa to C terminal of P97-3, L10A mutant
要素30S ribosomal protein S6
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / strand swap / globling unfolding / cis-proline.
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Exposing the distinctive modular behavior of beta-strands and alpha-helices in folded proteins.
著者: Wang, H. / Logan, D.T. / Danielsson, J. / Oliveberg, M.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / atom_type / cell / entity / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_mon_prot_cis / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _cell.volume / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Polymer geometry / 詳細: non-planar carboxylate groups in the side chains / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8801
ポリマ－11,8801
非ポリマー00
水1,60389
1
A: 30S ribosomal protein S6

A: 30S ribosomal protein S6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7592
ポリマ－23,7592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.810, 34.810, 135.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11879.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
遺伝子: rpsF, TTHA0245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES pH 7.5 22% w/v Poly (acrylic acid sodium salt) 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→34.81 Å / Num. obs: 27159 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 24.2 % / Biso Wilson estimate: 15.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 26.7 / Num. measured all: 657721 / Scaling rejects: 56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.2-1.2223.80.48212790.9430.0990.49399.2
6.56-34.8117.50.0461930.9990.0110.04788.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Ris

1ris


解像度: 1.2→33.71 Å / SU ML: 0.1147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 14.6007
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1686 1337 4.94 %RANDOM
Rwork0.1371 25753 --
obs0.1386 27090 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数787 0 0 89 876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14921181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0883133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.2539360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.240.20391440.15872480X-RAY DIFFRACTION99.62
1.24-1.290.17881280.14032541X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.350.19311270.13262518X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.420.18361160.13182563X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.510.16681500.11182534X-RAY DIFFRACTION99.93
1.51-1.630.15441430.10142544X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.790.16521400.1122568X-RAY DIFFRACTION99.85
1.79-2.050.14521390.10832624X-RAY DIFFRACTION99.57
2.05-2.580.16441290.12952600X-RAY DIFFRACTION98.95
2.58-33.710.1781210.16422781X-RAY DIFFRACTION97.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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