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- PDB-6i5o: Crystal structure of SPBc2 prophage-derived protein YomS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i5o
タイトルCrystal structure of SPBc2 prophage-derived protein YomS
要素SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS
キーワードUNKNOWN FUNCTION / YomS / SPBc2 prophage-derived
機能・相同性SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YomS
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Welin, M. / Al-Karadaghi, S.
資金援助1件
組織認可番号国
European Union685778
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the Bacillus subtilis prophage lytic cassette proteins XepA and YomS.
著者: Freitag-Pohl, S. / Jasilionis, A. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Kovacic, R. / Welin, M. / Watzlawick, H. / Wang, L. / Altenbuchner, J. / Plotka, M. / Kaczorowska, A.K. / Kaczorowski, T. ...著者: Freitag-Pohl, S. / Jasilionis, A. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Kovacic, R. / Welin, M. / Watzlawick, H. / Wang, L. / Altenbuchner, J. / Plotka, M. / Kaczorowska, A.K. / Kaczorowski, T. / Nordberg Karlsson, E. / Al-Karadaghi, S. / Walse, B. / Aevarsson, A. / Pohl, E.
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年11月18日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS
B: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS
C: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS
D: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS
E: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5465
ポリマ－64,5465
非ポリマー00
水15,331851
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.000, 52.160, 106.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

21A-323-

HOH

31D-235-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 118 / Label seq-ID: 7 - 118

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15BB
25CC
16BB
26DD
17BB
27EE
18CC
28DD
19CC
29EE
110DD
210EE

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YomS


分子量: 12909.253 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yomS, BSU21240 / 細胞株 (発現宿主): JM109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31965
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M cacodylate pH 5.5, 0.2 M ammonium nitrate, 18 % (w/v) PEG Smear Low

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→53.14 Å / Num. obs: 134241 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.33-1.3651.39798840.4980.6931.564100
5.95-53.084.70.03315740.9980.0170.03799.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.33→53.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.297 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0489 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.051
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1777 6730 5 %RANDOM
Rwork0.1542 ---
obs0.1554 127511 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.38 Å2 / Biso mean: 18.458 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→53.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4310 0 0 851 5161
Biso mean---31.8 -
残基数----560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0135017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.6376899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5911.57410477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0045694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93124.602226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.00115834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0041513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021063
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A40680.06
12B40680.06
21A39830.09
22C39830.09
31A40600.06
32D40600.06
41A40320.07
42E40320.07
51B39060.08
52C39060.08
61B39360.06
62D39360.06
71B39120.06
72E39120.06
81C39570.09
82D39570.09
91C39300.1
92E39300.1
101D39440.08
102E39440.08
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 488 -
Rwork0.298 9396 -
all-9884 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8401-0.3787-0.09680.8438-0.01990.9809-0.0080.2233-0.0242-0.01180.01120.0379-0.0665-0.1351-0.00330.0271-0.0242-0.02720.15640.0140.04388.88629.29818.151
21.1491-0.1916-0.010.9271-0.40740.8274-0.01590.35690.0167-0.03460.0078-0.0076-0.0121-0.02790.00810.025-0.0344-0.01810.2148-0.00710.031429.8128.9758.7
31.3360.5334-0.1270.6895-0.09590.6074-0.06270.1748-0.0897-0.03810.063-0.03610.00930.0133-0.00030.0125-0.0126-0.01460.0784-0.020.050345.28528.85825.726
40.61670.0215-0.12190.57090.29940.6963-0.0209-0.0136-0.01660.00220.0191-0.00760.00870.0040.00170.01550.0024-0.02430.033700.042633.92129.30245.783
50.918-0.1177-0.18520.80980.25310.6303-0.0080.02810.02710.02930.0334-0.0105-0.0309-0.017-0.02530.0127-0.0074-0.01640.0420.01450.038911.3429.60441.049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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