PDB-6i46: Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 8: (2RS)-4-(5-(2-Fl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i46

タイトル

Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 8: (2RS)-4-(5-(2-Fluoro-4-methoxyphenyl)-2-oxooxazol-3(2H)-yl)-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide

要素

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Surivet, J.-P. / Panchaud, P. / Specklin, J.-L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.-C. / Gauvin, J.-C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of LpxC Displaying Potent in Vitro Activity against Gram-Negative Bacteria.
著者: Surivet, J.P. / Panchaud, P. / Specklin, J.L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.C. / Gauvin, J.C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. / Schmitt, C. / Lange, R. / Tidten-Luksch, N. / ...

履歴

登録	2018年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i46.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i46.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i46_validation.pdf.gz	692.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i46_full_validation.pdf.gz	695.1 KB	表示
XML形式データ	6i46_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	6i46_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i47C 6i48C 6i49C 6i4aC 2vesS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mdt-4 4fw5-4 4mdt-1 7cib-d 3nzk-1 3nzk-2 4fw4-2 4okg-2 7ci9-d 7cia-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.754, 66.614, 62.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.415, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌) 遺伝子: lpxC, PLES_47851 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-H2N / (2~{R})-4-[5-(2-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazol-3-yl]-2-methyl-2-methylsulfonyl-~{N}-oxidanyl-butanamide 分子量: 402.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉FN₂O₇S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26-30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→35.8 Å / Num. obs: 55874 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.76 % / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.439 / R_rim(I) all: 1.039 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ves

2ves

解像度: 1.75→35.779 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.196 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	1487	-
R_work	0.1784	-	-
all	0.181	-	-
obs	-	29727	99.515 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.375 Å²	-0 Å²	0.446 Å²
2-	-	-0.842 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.461 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.779 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2296	0	34	138	2468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.657	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.587	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.038	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.485	22.101	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.296	15	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.511	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.082	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.974	2.465	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.966	2.463	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.742	3.689	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.745	3.691	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.062	2.852	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.061	2.853	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.639	4.13	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.638	4.132	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.735	29.732	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.719	29.567	2519

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.328	110	0.3	2092	2227	98.8774	0.299
1.795-1.845	0.276	106	0.268	2002	2110	99.9052	0.267
1.845-1.898	0.263	105	0.25	1991	2097	99.9523	0.246
1.898-1.956	0.279	100	0.234	1900	2007	99.6512	0.226
1.956-2.02	0.273	97	0.215	1846	1951	99.59	0.203
2.02-2.091	0.228	95	0.204	1811	1908	99.8952	0.189
2.091-2.17	0.256	91	0.185	1722	1814	99.9449	0.169
2.17-2.258	0.211	89	0.178	1690	1779	100	0.163
2.258-2.358	0.246	84	0.162	1603	1689	99.8816	0.143
2.358-2.473	0.196	80	0.152	1530	1611	99.9379	0.134
2.473-2.606	0.254	77	0.161	1461	1542	99.7406	0.141
2.606-2.764	0.247	74	0.179	1395	1474	99.6608	0.158
2.764-2.954	0.241	68	0.165	1294	1368	99.5614	0.151
2.954-3.19	0.205	63	0.165	1207	1275	99.6078	0.156
3.19-3.492	0.201	59	0.166	1125	1192	99.3289	0.163
3.492-3.902	0.201	53	0.162	994	1064	98.4023	0.167
3.902-4.5	0.207	47	0.145	898	957	98.7461	0.158
4.5-5.498	0.165	40	0.164	750	797	99.1217	0.183
5.498-7.72	0.235	31	0.179	586	633	97.4724	0.202
7.72-45.743	0.18	18	0.175	341	371	96.7655	0.222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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