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- PDB-6i1s: Crystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with FKBP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1s
タイトルCrystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with FKBP12 and the inhibitor E6201
要素
  • Activin receptor type-1
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / Inhibitor / ALK2 / ACVR1 / FKBP12 / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell fate commitment / signaling receptor inhibitor activity / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / macrolide binding / endocardial cushion fusion / atrial septum primum morphogenesis / BMP receptor activity / cardiac muscle cell fate commitment / acute inflammatory response ...endocardial cushion cell fate commitment / signaling receptor inhibitor activity / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / macrolide binding / endocardial cushion fusion / atrial septum primum morphogenesis / BMP receptor activity / cardiac muscle cell fate commitment / acute inflammatory response / activin receptor binding / activin receptor activity, type I / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / activin receptor complex / transforming growth factor beta receptor activity, type I / positive regulation of determination of dorsal identity / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endocardial cushion formation / cytoplasmic side of membrane / smooth muscle cell differentiation / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / cellular response to BMP stimulus / type I transforming growth factor beta receptor binding / activin receptor signaling pathway / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / embryonic heart tube morphogenesis / transforming growth factor beta binding / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / dorsal/ventral pattern formation / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / determination of left/right symmetry / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / neural crest cell migration / atrioventricular valve morphogenesis / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ventricular septum morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / FK506 binding / channel regulator activity / SMAD binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / peptide hormone binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / mesoderm formation / regulation of immune response / regulation of ossification / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of signal transduction / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / sarcoplasmic reticulum membrane / protein tyrosine kinase binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / T cell activation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / sarcoplasmic reticulum / peptidylprolyl isomerase / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / cellular response to growth factor stimulus / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein folding / positive regulation of protein binding / apical part of cell / heart development / regulation of protein localization / protein refolding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / in utero embryonic development / transmembrane transporter binding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Chitinase A; domain 3 - #40 / Snake toxin-like superfamily / : ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Chitinase A; domain 3 - #40 / Snake toxin-like superfamily / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E26 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / Activin receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Williams, E.P. / Pinkas, D.M. / Fortin, J. / Newman, J.A. / Bradshaw, W.J. / Mahajan, P. / Kupinska, K. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Williams, E.P. / Pinkas, D.M. / Fortin, J. / Newman, J.A. / Bradshaw, W.J. / Mahajan, P. / Kupinska, K. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2020
タイトル: Mutant ACVR1 Arrests Glial Cell Differentiation to Drive Tumorigenesis in Pediatric Gliomas.
著者: Fortin, J. / Tian, R. / Zarrabi, I. / Hill, G. / Williams, E. / Sanchez-Duffhues, G. / Thorikay, M. / Ramachandran, P. / Siddaway, R. / Wong, J.F. / Wu, A. / Apuzzo, L.N. / Haight, J. / You- ...著者: Fortin, J. / Tian, R. / Zarrabi, I. / Hill, G. / Williams, E. / Sanchez-Duffhues, G. / Thorikay, M. / Ramachandran, P. / Siddaway, R. / Wong, J.F. / Wu, A. / Apuzzo, L.N. / Haight, J. / You-Ten, A. / Snow, B.E. / Wakeham, A. / Goldhamer, D.J. / Schramek, D. / Bullock, A.N. / Dijke, P.T. / Hawkins, C. / Mak, T.W.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-1
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,47012
ポリマ－49,4542
非ポリマー1,01610
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Each protein was individually verified by intact Mass Spec and the complex was purified by gel filtration and analysed by SDS PAGE. Comparison to single protein elution ...根拠: gel filtration, Each protein was individually verified by intact Mass Spec and the complex was purified by gel filtration and analysed by SDS PAGE. Comparison to single protein elution profiles showed a peak shift in the gel filtration profile that confirms complex formation.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.309, 108.599, 114.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Activin receptor type-1 / Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine- ...Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine-protein kinase receptor R1 / SKR1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I


分子量: 37398.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Standard peptide protein chain. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1, ACVRLK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase
#2: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase


分子量: 12054.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Standard polypetide protein chain. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 4種, 247分子

#3: 化合物 ChemComp-E26 / (4~{S},5~{R},6~{Z},9~{S},10~{S},12~{E})-16-(ethylamino)-4,5-dimethyl-9,10,18-tris(oxidanyl)-3-oxabicyclo[12.4.0]octadeca-1(14),6,12,15,17-pentaene-2,8-dione


分子量: 389.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 % / 解説: Clear crystal. Oblong.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M ammonium sulfate, 30% pentaerythritol ethoxylate 15/4, 0.1M bis-tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月4日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→41.32 Å / Num. obs: 85856 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4196 / CC1/2: 0.635 / Rpim(I) all: 0.665 / Rrim(I) all: 1.19 / Χ2: 0.83 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998精密化
iMOSFLM7.2.2データ削減
Aimless7.0.044データスケーリング
PHASER7.0.044位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H9R

3h9r


解像度: 1.52→41.31 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1927 4149 4.89 %Random selection
Rwork0.1767 ---
obs0.1775 85764 99.96 %-
溶媒の処理VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3363 0 66 237 3666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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