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- PDB-6i0v: Crystal structure of DmTailor in complex with CACAGU RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i0v
タイトルCrystal structure of DmTailor in complex with CACAGU RNA
要素
  • RNA (5'-R(*CP*AP*CP*AP*GP*U)-3')
  • Terminal uridylyltransferase Tailor
キーワードTRANSFERASE / Terminal uridyl transferase / nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of miRNA catabolic process / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / pre-miRNA processing / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cid1 family poly A polymerase / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Terminal uridylyltransferase Tailor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Kroupova, A. / Ivascu, A. / Jinek, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for acceptor RNA substrate selectivity of the 3' terminal uridylyl transferase Tailor.
著者: Kroupova, A. / Ivascu, A. / Reimao-Pinto, M.M. / Ameres, S.L. / Jinek, M.
履歴
登録2018年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal uridylyltransferase Tailor
B: RNA (5'-R(*CP*AP*CP*AP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1834
ポリマ－46,1342
非ポリマー492
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.077, 60.077, 162.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Terminal uridylyltransferase Tailor / TUTase Tailor


分子量: 44259.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Tailor, CG1091
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9VI58, RNA uridylyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*CP*AP*GP*U)-3')


分子量: 1875.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 35% (v/v) glycerol ethoxylate, 75 mM sodium malonate, pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.8 Å / Num. obs: 29819 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 24.17
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.421 / Rsym value: 2.706 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I0S

6i0s


解像度: 1.851→43.799 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 1508 5.06 %
Rwork0.1946 --
obs0.1962 29819 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→43.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 86 2 130 3018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9484022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4491114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8513-1.91110.37621360.32642513X-RAY DIFFRACTION99
1.9111-1.97940.33881340.2972506X-RAY DIFFRACTION100
1.9794-2.05860.29771360.27572551X-RAY DIFFRACTION100
2.0586-2.15230.32261380.24762531X-RAY DIFFRACTION100
2.1523-2.26580.281370.23152542X-RAY DIFFRACTION100
2.2658-2.40770.26711350.22422569X-RAY DIFFRACTION100
2.4077-2.59360.23071370.21732539X-RAY DIFFRACTION100
2.5936-2.85460.24151330.20382578X-RAY DIFFRACTION100
2.8546-3.26750.2421370.20842586X-RAY DIFFRACTION100
3.2675-4.11630.19851370.16782620X-RAY DIFFRACTION100
4.1163-43.8110.18821480.16482776X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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