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- PDB-6i09: Crystal structure of RlpA SPOR domain from Pseudomonas aeruginosa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i09
タイトルCrystal structure of RlpA SPOR domain from Pseudomonas aeruginosa in complex with denuded glycan obtained by soaking
要素Endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA
キーワードCELL CYCLE / Lytic transglycosylase / septum / SPOR domain / cell division / divisome / murein / denuded glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan binding / cell outer membrane / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rare lipoprotein A / Endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA / Sporulation-like domain / Sporulation-like domain superfamily / SPOR domain / SPOR domain profile. / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / RlpA-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA / Endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Alcorlo, M. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-59389-P and BFU2017-90030-P to JAH スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis of denuded glycan recognition by SPOR domains in bacterial cell division.
著者: Alcorlo, M. / Dik, D.A. / De Benedetti, S. / Mahasenan, K.V. / Lee, M. / Dominguez-Gil, T. / Hesek, D. / Lastochkin, E. / Lopez, D. / Boggess, B. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2018年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2772
ポリマ－8,2881
非ポリマー9891
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area4930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.433, 68.151, 38.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

21A-573-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA


分子量: 8288.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: rlpA, PAMH19_1027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A8RDC6, UniProt: Q9X6V6*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 988.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C]/1-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M NaF and 16% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→47.934 Å / Num. obs: 15044 / % possible obs: 97.77 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.854 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1475 / Rpim(I) all: 0.319

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I05

6i05


解像度: 1.48→47.93 Å / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 748 4.98 %
Rwork0.1689 14277 -
obs0.1704 15025 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数576 0 68 73 717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.858929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0686120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2297497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.590.26861410.22052854X-RAY DIFFRACTION99.17
1.59-1.750.23081520.1862861X-RAY DIFFRACTION99.47
1.75-2.010.20131550.15512835X-RAY DIFFRACTION98.13
2.01-2.530.19411390.17422879X-RAY DIFFRACTION98.24
2.53-47.930.18821610.16122848X-RAY DIFFRACTION94.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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