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- PDB-6hzg: BP0997, GH138 enzyme targeting pectin rhamnogalacturonan II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hzg
タイトルBP0997, GH138 enzyme targeting pectin rhamnogalacturonan II
要素BPa0997 N-ter E361S
キーワードHYDROLASE / Rahmnogalacturonan II / pectin / glycoside hydrolase family 38
機能・相同性Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / alpha-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galactopyranuronic acid / BPa0997
機能・相同性情報
生物種Bacteroides paurosaccharolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Basle, A. / Cartmell, A. / Labourel, A. / Gilbert, H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council322820 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional analyses of glycoside hydrolase 138 enzymes targeting chain A galacturonic acid in the complex pectin rhamnogalacturonan II.
著者: Labourel, A. / Basle, A. / Munoz-Munoz, J. / Ndeh, D. / Booth, S. / Nepogodiev, S.A. / Field, R.A. / Cartmell, A.
履歴
登録2018年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BPa0997 N-ter E361S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1376
ポリマ－102,4961
非ポリマー6415
水13,854769
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.298, 68.379, 220.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BPa0997 N-ter E361S


分子量: 102495.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides paurosaccharolyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8GZY5*PLUS

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糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-ADA / alpha-D-galactopyranuronic acid / alpha-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / ALPHA D-GALACTURONIC ACID / α-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-GTR / beta-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / β-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 771分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16 % PEG 8000, 100 mM Tris pH 8.4, 9% Butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→73.39 Å / Num. obs: 100505 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→55.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.42 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 5047 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.156 95323 90.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2---2.66 Å20 Å2
3---3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→55.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5577 0 41 769 6387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0135829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.6517926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4531.57912094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52222.616302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25415962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2181529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.911.8932807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8811.8922806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6162.8493515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6152.853516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9652.0073022
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9662.0073022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5562.9434410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.11222.967080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.11222.9477079
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.004311043
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 310 -
Rwork0.29 6535 -
obs--84.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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