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- PDB-6hys: Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hys | |||||||||
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Title | Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom | |||||||||
![]() | ATP-dependent RNA helicase DHX8 | |||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Helicase / Splicing / RNA | |||||||||
Function / homology | ![]() spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity ...spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, P.C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release. Authors: Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 983.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 815.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hytC ![]() 6hyuC ![]() 2xauS ![]() 3i4uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 76822.562 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 496 molecules ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92044 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→49.49 Å / Num. obs: 92707 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 55.4 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.319 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2XAU and 3I4U Resolution: 2.6→37.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.579 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.524 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.257
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Displacement parameters | Biso mean: 67.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.6→37.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.62 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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