PDB-3i4u: Crystal Structure Analysis of a helicase associated domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i4u

タイトル

Crystal Structure Analysis of a helicase associated domain

要素

ATP-dependent RNA helicase DHX8

キーワード

HYDROLASE / helicase / splicing / ATP-binding / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Spliceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / nuclear body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kudlinzki, D. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of the C-terminal domain of the spliceosomal helicase Prp22
著者: Kudlinzki, D. / Schmitt, A. / Christian, H. / Ficner, R.

履歴

登録	2009年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i4u.cif.gz	122.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i4u.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i4u_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i4u_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	3i4u_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	3i4u_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4awy-1 3qvu-d 4wbh-d 4nmy-d 5u7z-1 4pmu-1 2xyl-1 3q91-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (3)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: ATP-dependent RNA helicase DHX8

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent RNA helicase DHX8

ヘテロ分子

A: ATP-dependent RNA helicase DHX8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.854, 78.854, 88.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL ASSEMBLY: UNKNOWN.

#1: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase DHX8 / DEAH box protein 8 / RNA helicase HRH1 分子量: 31208.006 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 950-1183 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX8, DDX8 / プラスミド: pPR-IBA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14562, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION 分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2uL drop (1:1); 1.7M (NH4)2SO4, 0.1M Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	BW7A	1	0.91164
シンクロトロン	BESSY	14.2	2	0.97976, 0.9799, 0.95, 1.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR CCD 165 mm	1	CCD	2006年12月8日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2007年8月12日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD		x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91164	1
2	0.97976	1
3	0.9799	1
4	0.95	1
5	1	1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 31239 / % possible obs: 99.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.8 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 29.2 / Num. measured all: 557688

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 11.853 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24486	843	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19278	-	-	-
obs	0.19532	15845	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1952	0	45	190	2187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.881	1.972	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.698	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.743	23.263	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.354	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.598	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.607	1.5	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.731	2	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.166	3	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.865	4.5	802
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	72	-
R_work	0.208	1153	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1871	0.0007	0.0634	0.0109	-0.033	0.1231	0.0084	-0.0102	-0.0269	-0.0024	0.0042	0.0062	0.0015	0.0018	-0.0126	-0.0031	0.0003	-0.0022	0.0014	0.0033	-0.0063	50.3596	22.3059	43.6884
2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	948 - 965
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	966 - 974
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	975 - 982
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	983 - 986
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	987 - 1000
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1014
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1015 - 1024
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1025 - 1039
9	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1040 - 1057
10	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1058 - 1066
11	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1067 - 1090
12	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1091 - 1099
13	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1100 - 1111
14	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1112 - 1114
15	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1115 - 1118
16	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1119 - 1123
17	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1124 - 1127
18	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1128 - 1130
19	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1131 - 1135
20	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1136 - 1147
21	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1148 - 1157
22	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1158 - 1168
23	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1169 - 1178
24	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1179 - 1184
25	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1191 - 1194

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