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- PDB-6hym: Structure of PCM1 LIR motif bound to GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hym
タイトルStructure of PCM1 LIR motif bound to GABARAP
要素Pericentriolar material 1 protein,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Autophagy / ATG8 / LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex localization to centriolar satellite / intraciliary transport involved in cilium assembly / interkinetic nuclear migration / microtubule anchoring / microtubule anchoring at centrosome / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / ciliary transition zone / regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of intracellular protein transport / neuronal stem cell population maintenance ...protein-containing complex localization to centriolar satellite / intraciliary transport involved in cilium assembly / interkinetic nuclear migration / microtubule anchoring / microtubule anchoring at centrosome / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / ciliary transition zone / regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of intracellular protein transport / neuronal stem cell population maintenance / regulation of protein complex stability / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / non-motile cilium assembly / centrosome cycle / protein localization to centrosome / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Macroautophagy / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / pericentriolar material / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / cilium assembly / social behavior / autophagosome maturation / beta-tubulin binding / protein targeting / mitophagy / sperm midpiece / cytoplasmic microtubule organization / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / autophagosome / AURKA Activation by TPX2 / GABA-ergic synapse / negative regulation of neurogenesis / centriolar satellite / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / apical part of cell / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton / microtubule cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / microtubule binding / molecular adaptor activity / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pericentriolar material 1 protein / Pericentriolar material 1 protein, C-terminal / Pericentriolar material 1 C terminus / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Pericentriolar material 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Mouilleron, S. / Wirth, M. / Zhang, W. / O'Reilly, N. / Tooze, S. / Johansen, T. / Razi, M. / Nyoni, L. / Joshi, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Molecular determinants regulating selective binding of autophagy adapters and receptors to ATG8 proteins.
著者: Wirth, M. / Zhang, W. / Razi, M. / Nyoni, L. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / Johansen, T. / Tooze, S.A. / Mouilleron, S.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pericentriolar material 1 protein,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Pericentriolar material 1 protein,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8107
ポリマ－32,3792
非ポリマー4305
水3,459192
1
A: Pericentriolar material 1 protein,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4664
ポリマ－16,1901
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pericentriolar material 1 protein,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3443
ポリマ－16,1901
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.873, 80.873, 55.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Pericentriolar material 1 protein,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / hPCM-1 / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 16189.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCM1, GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15154, UniProt: O95166
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% w/v PEG 1500, 0.1 M SPG pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→45.59 Å / Num. obs: 30131 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 0.89 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GNU

1gnu


解像度: 1.86→45.587 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 1524 5.08 %
Rwork0.1855 --
obs0.1871 30026 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→45.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2139 0 28 192 2359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2323012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6891855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8595-1.91960.40181780.3832505X-RAY DIFFRACTION98
1.9196-1.98820.34771290.31692575X-RAY DIFFRACTION99
1.9882-2.06780.27771590.26752525X-RAY DIFFRACTION100
2.0678-2.16190.26741100.23562619X-RAY DIFFRACTION100
2.1619-2.27590.2971650.22472556X-RAY DIFFRACTION100
2.2759-2.41840.28691130.21762592X-RAY DIFFRACTION100
2.4184-2.60510.2761050.20532638X-RAY DIFFRACTION100
2.6051-2.86730.23721390.2092592X-RAY DIFFRACTION100
2.8673-3.28210.20931490.19372597X-RAY DIFFRACTION100
3.2821-4.13460.1791480.16262602X-RAY DIFFRACTION100
4.1346-45.60020.18791290.15062701X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34390.74860.05690.6210.12991.1733-0.2768-0.26450.0702-0.3675-0.0266-0.1983-0.25850.2132-0.06920.419-0.0343-0.08580.43040.10320.512825.369693.7818-1.5338
21.89020.64150.8261.47110.24211.692-0.1107-0.13330.1083-0.1433-0.12250.0279-0.0873-0.1542-0.00010.3528-0.001-0.06750.37180.0480.398613.086595.2171-8.56
30.7181-0.0271-0.30630.09090.17240.4321-0.0383-0.3413-0.02170.0195-0.0758-0.0154-0.0160.008700.434-0.0542-0.09090.46520.07030.408318.247292.8559-1.9156
40.58180.6874-0.79280.7147-0.36392.7895-0.40840.2634-0.5470.4859-0.06050.64871.4681-1.15-0.17350.3634-0.41120.09810.7872-0.07350.583916.967105.67416.5067
51.76410.0665-1.41161.20880.84532.2344-0.1804-0.044-0.04970.21890.02320.21930.4314-0.4749-0.00210.398-0.09340.03790.44450.0380.333223.4741113.1920.3491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -12 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 117 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -11 through 35 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 36 through 117 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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