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- PDB-6hye: PDX1.2/PDX1.3 complex (PDX1.3:K97A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hye
タイトルPDX1.2/PDX1.3 complex (PDX1.3:K97A)
要素
  • Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
  • Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
キーワードPLANT PROTEIN / Swinging arm lysine / Pseudoenzyme / Inactive mutant / dodecamer
機能・相同性
機能・相同性情報


response to non-ionic osmotic stress / amine-lyase activity / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / hyperosmotic salinity response / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process ...response to non-ionic osmotic stress / amine-lyase activity / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / hyperosmotic salinity response / pyridoxine biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to UV-B / endomembrane system / response to salt stress / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Robinson, G.C. / Kaufmann, M. / Roux, C. / Martinez-Font, J. / Hothorn, M. / Thore, S. / Fitzpatrick, T.B.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-141117/1 スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the pseudoenzyme PDX1.2 in complex with its cognate enzyme PDX1.3: a total eclipse.
著者: Robinson, G.C. / Kaufmann, M. / Roux, C. / Martinez-Font, J. / Hothorn, M. / Thore, S. / Fitzpatrick, T.B.
履歴
登録2018年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_remark / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_PDB_remark.text
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,37916
ポリマ－271,6108
非ポリマー7698
水1,35175
1
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)817,13748
ポリマ－814,83124
非ポリマー2,30624
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_544x+1/3,y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation8_554-y+1/3,x-y+2/3,z-1/31
crystal symmetry operation9_444-x+y-2/3,-x-1/3,z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)177.460, 177.460, 115.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 / AtPDX1 / 3


分子量: 33874.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PDX12, A37, PDX1L2, At3g16050, MSL1.3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9ZNR6
#2: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / PLP synthase subunit PDX1.3


分子量: 34028.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 % / 解説: Rhombohedral morphology
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.8 M ammonium sulphate, 0.05 M MES, pH 6.5, 5% 1,4-dioxane, 0.01 M Tris, pH 7.0, 0.1 M KCl, 0.005 M DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→92.47 Å / Num. obs: 45389 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4481 / CC1/2: 0.639 / Rpim(I) all: 0.616 / Rrim(I) all: 1.159 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLM7.2.0データ削減
Aimless7.0.013データスケーリング
PHASER7.0.013位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chainsaw model derived from 5K3V

5k3v


解像度: 2.53→92.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 29.285 / SU ML: 0.596 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2807 2229 4.9 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2369 43157 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.24 Å2 / Biso mean: 29.321 Å2 / Biso min: 7.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.06 Å2-1.03 Å2-0 Å2
2---2.06 Å20 Å2
3---6.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→92.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14778 0 40 75 14893
Biso mean--42 23.48 -
残基数----2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01915000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.9620357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.555332205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.19552068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.91923.996553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.99152225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.411597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.22443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.023210
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 181 -
Rwork0.37 3157 -
all-3338 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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