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万見
- PDB-6hyd: Rea1 Wild type ADP state (tail part) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hyd
タイトルRea1 Wild type ADP state (tail part)
要素Midasin,Midasin,Midasin
キーワードMOTOR PROTEIN / Rea1 / Mdn1 / Midasin / AAA+ protein / ribosome maturation / molecular machine
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sosnowski, P. / Urnavicius, L. / Boland, A. / Fagiewicz, R. / Busselez, J. / Papai, G. / Schmidt, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: The CryoEM structure of the ribosome maturation factor Rea1.
著者: Piotr Sosnowski / Linas Urnavicius / Andreas Boland / Robert Fagiewicz / Johan Busselez / Gabor Papai / Helgo Schmidt /
要旨: The biogenesis of 60S ribosomal subunits is initiated in the nucleus where rRNAs and proteins form pre-60S particles. These pre-60S particles mature by transiently interacting with various assembly ...The biogenesis of 60S ribosomal subunits is initiated in the nucleus where rRNAs and proteins form pre-60S particles. These pre-60S particles mature by transiently interacting with various assembly factors. The ~5000 amino-acid AAA+ ATPase Rea1 (or Midasin) generates force to mechanically remove assembly factors from pre-60S particles, which promotes their export to the cytosol. Here we present three Rea1 cryoEM structures. We visualise the Rea1 engine, a hexameric ring of AAA+ domains, and identify an α-helical bundle of AAA2 as a major ATPase activity regulator. The α-helical bundle interferes with nucleotide-induced conformational changes that create a docking site for the substrate binding MIDAS domain on the AAA +ring. Furthermore, we reveal the architecture of the Rea1 linker, which is involved in force generation and extends from the AAA+ ring. The data presented here provide insights into the mechanism of one of the most complex ribosome maturation factors.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0308
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Midasin,Midasin,Midasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,0461
ポリマ－192,0461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area80610 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Midasin,Midasin,Midasin / Dynein-related AAA-ATPase REA1 / MIDAS-containing protein / Ribosome export/assembly protein 1


分子量: 192045.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDN1, REA1, YLR106C, L2901, L8004.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12019

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rea1 (MIDASIN) tail with ADP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: ADP was added 5 minute before the plunging
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMHEPESC8H18N2O4S1
210 mMMagnesium AcetateMg(CH3COO)21
35 mMEGTAC14H24N2O101
45 mMDTTC4H10O2S21
53 mMADPC10H15N5O10P21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Residual tilt: 12 mradians
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 46.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 23230
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: Titan Krios Cs Corrector
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3712 / 縦: 3840 / 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 2-35

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
5RELIONCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 432556 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412396
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.80616802
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1617427
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471989
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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