PDB-6hwk: Glucosamine kinase (crystal form B)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hwk

タイトル

Glucosamine kinase (crystal form B)

要素

Glucosamine kinase

キーワード

TRANSFERASE / Glucosamine kinase

機能・相同性

glucosamine kinase / Glucosamine kinase / glucosamine kinase activity / carbohydrate metabolic process / phosphorylation / Protein kinase-like domain superfamily / magnesium ion binding / ATP binding / Glucosamine kinase

機能・相同性情報

生物種

Streptacidiphilus jiangxiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.688 Å

データ登録者

Manso, J.A. / Pereira, P.J.B.

引用

ジャーナル: mBio / 年: 2019
タイトル: Molecular Fingerprints for a Novel Enzyme Family in with Glucosamine Kinase Activity.
著者: José A Manso / Daniela Nunes-Costa / Sandra Macedo-Ribeiro / Nuno Empadinhas / Pedro José Barbosa Pereira /

要旨: have long been the main source of antibiotics, secondary metabolites with tightly controlled biosynthesis by environmental and physiological factors. Phosphorylation of exogenous glucosamine has ... have long been the main source of antibiotics, secondary metabolites with tightly controlled biosynthesis by environmental and physiological factors. Phosphorylation of exogenous glucosamine has been suggested as a mechanism for incorporation of this extracellular material into secondary metabolite biosynthesis, but experimental evidence of specific glucosamine kinases in is lacking. Here, we present the molecular fingerprints for the identification of a unique family of actinobacterial glucosamine kinases. Structural and biochemical studies on a distinctive kinase from the soil bacterium unveiled its preference for glucosamine and provided structural evidence of a phosphoryl transfer to this substrate. Conservation of glucosamine-contacting residues across a large number of uncharacterized actinobacterial proteins unveiled a specific glucosamine binding sequence motif. This family of kinases and their genetic context may represent the missing link for the incorporation of environmental glucosamine into the antibiotic biosynthesis pathways in and can be explored to enhance antibiotic production. The discovery of novel enzymes involved in antibiotic biosynthesis pathways is currently a topic of utmost importance. The high levels of antibiotic resistance detected worldwide threaten our ability to combat infections and other 20th-century medical achievements, namely, organ transplantation or cancer chemotherapy. We have identified and characterized a unique family of enzymes capable of phosphorylating glucosamine to glucosamine-6-phosphate, a crucial molecule directly involved in the activation of antibiotic production pathways in , nature's main source of antimicrobials. The consensus sequence identified for these glucosamine kinases will help establish a molecular fingerprint to reveal yet-uncharacterized sequences in antibiotic producers, which should have an important impact in biotechnological and biomedical applications, including the enhancement and optimization of antibiotic production.

履歴

登録	2018年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.3	2020年9月30日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6hwk.ent.gz	505.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6hwk_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hwk_full_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示
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CIF形式データ	6hwk_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hwk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	SASDEL6C SASDEM6C SASDEN6C SASDEP6C SASDEQ6C SASDER6C 6hwjC 6hwlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r11-d 5ekq-d 5lt2-d 4xoa-d 4mmz-d 4egq-d 10319 4uim-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/615 / データの種類: diffraction image data

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リンク

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登録構造単位

A: Glucosamine kinase

B: Glucosamine kinase

C: Glucosamine kinase

D: Glucosamine kinase

ヘテロ分子

193 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The glucosamine kinase is a monomer as determined by SAXS and gel-filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.202, 111.216, 150.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glucosamine kinase / Glucosamine kinase 分子量: 48308.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptacidiphilus jiangxiensis (バクテリア) 遺伝子: SAMN05414137_114149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1H7TQR5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.7, 16.5% (wt/vol) PEG 3350, 0.15 M MgCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.688→47.274 Å / Num. obs: 52817 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.8 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.208 / R_pim(I) all: 0.085 / R_rim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2664 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.469 / R_rim(I) all: 1.262 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1200012387

解像度: 2.688→47.274 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	2646	5.01 %
R_work	0.2055	-	-
obs	0.2073	52795	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.688→47.274 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12113	0	7	256	12376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.45	16991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.66	7340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1980
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6883-2.7372	0.3221	124	0.2726	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7372-2.7898	0.3441	151	0.2641	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7898-2.8468	0.3075	133	0.264	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8468-2.9087	0.2804	159	0.2628	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9087-2.9763	0.3143	136	0.2564	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9763-3.0507	0.3309	134	0.253	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0507-3.1332	0.3499	143	0.2646	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1332-3.2254	0.2959	153	0.2524	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2254-3.3295	0.2776	136	0.2251	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3295-3.4484	0.2479	142	0.219	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4484-3.5864	0.2645	141	0.2145	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5864-3.7496	0.2396	124	0.2029	2560	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7496-3.9472	0.2111	113	0.1864	2539	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9472-4.1944	0.2085	141	0.1617	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1944-4.518	0.1846	150	0.1625	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.518-4.9722	0.2098	142	0.1708	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9722-5.6906	0.2284	132	0.2027	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6906-7.1656	0.2145	151	0.2088	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1656-47.2815	0.1737	141	0.1684	2722	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9261	-0.3322	0.1005	1.5184	-0.5065	3.0109	0.1724	0.67	-0.0174	-0.3312	-0.1978	-0.0658	-0.2465	0.7619	0.0101	0.392	0.0254	0.0295	0.6216	0.0412	0.3372	-34.5052	39.8459	-39.2554
2	0.6644	0.3379	0.2771	2.2331	0.0977	1.4225	0.0529	0.0147	0.0697	0.0314	-0.0641	0.1162	-0.0073	-0.064	0.0213	0.2314	-0.0059	0.0326	0.2432	0.0145	0.2185	-53.4879	25.5253	-18.4725
3	2.1785	-0.3394	0.7307	1.4761	0.0689	2.5327	-0.5803	-0.5403	0.4735	0.5956	0.1047	-0.4281	-0.9673	0.2907	0.4476	0.8554	0.1277	-0.2614	0.481	0.1013	0.6649	-58.3733	-42.3338	-21.706
4	6.0871	0.984	1.3231	3.859	-0.5793	4.5257	-0.4118	0.4772	0.6757	0.7858	-0.3061	-1.0673	-0.5051	1.1629	0.6953	0.5724	-0.0616	-0.1657	0.5893	0.3252	0.7907	-54.0441	-42.1658	-36.0803
5	3.2081	-0.7156	0.2093	3.4735	1.9281	6.0884	-0.3409	-0.5745	-0.1856	0.8544	0.1858	0.067	0.1316	-0.2822	0.185	0.5161	0.1377	0.0235	0.3809	0.0187	0.4788	-71.5206	-44.436	-33.4437
6	1.478	-1.3688	2.2716	4.3255	-0.3731	5.0405	-0.123	0.0634	0.2735	0.4873	-0.1416	-0.2281	0.1714	0.3814	0.2357	0.3097	0.0313	0.0373	0.2723	0.0346	0.3978	-63.5713	-45.7248	-38.84
7	2.6169	1.3052	-2.0699	4.0991	-2.8619	6.3107	0.2328	-0.0474	-0.1523	-0.1571	-0.2838	-0.2971	0.2183	0.6924	0.0802	0.2693	0.0396	0.0233	0.3128	-0.0662	0.3571	-68.2021	-39.5106	-60.3029
8	0.0146	-0.0397	0.0405	5.4609	-2.5251	1.2822	0.1927	-0.0601	-0.2644	0.6473	0.1146	1.3111	-0.103	-0.2487	-0.2739	0.3903	-0.0164	0.1514	0.4462	0.074	0.6019	-91.222	-33.842	-44.3323
9	1.8053	0.753	0.7298	8.5561	-2.5066	3.2419	0.2797	-0.2692	-0.1187	-0.4858	-0.3448	0.9965	0.1995	0.1101	0.0648	0.2365	0.0209	0.0542	0.4316	0.0585	0.4208	-93.978	-27.2278	-54.7769
10	3.8148	3.521	-1.2019	3.3412	-1.426	4.6731	-0.2764	-0.2936	-0.3336	-0.2146	0.099	0.0956	0.5984	0.4318	0.2265	0.3915	0.11	0.0365	0.2147	0.0175	0.4071	-73.2691	-42.1895	-49.4584
11	0.9764	0.4447	-0.5298	3.1123	-1.8713	1.6009	0.0055	0.0087	-0.155	-0.0991	0.0343	0.1545	0.0981	-0.0682	-0.0436	0.2517	0.0253	0.0233	0.2675	-0.0299	0.3184	-76.1088	-36.6391	-55.7364
12	2.1466	-0.084	-0.2067	1.7622	-0.4122	1.3025	-0.0749	0.1693	0.1134	0.0175	0.2569	0.4579	0.1165	-0.0921	-0.1577	0.2751	0.0296	0.0284	0.3066	0.0561	0.3038	-84.3143	-35.4489	-51.7795
13	9.2344	2.0716	3.6777	2.1532	0.3302	6.6118	0.2955	0.5368	-0.5621	-0.3119	0.0189	-0.422	0.3767	0.1957	-0.2675	0.3166	0.0291	0.056	0.2431	0.0089	0.2833	-82.7187	-25.1453	-59.2849
14	1.3901	-0.6676	0.4265	1.3798	0.267	4.9123	0.1293	0.2157	-0.1146	-0.4106	0.0456	0.0286	0.3263	0.1172	-0.1814	0.3216	-0.0261	-0.0113	0.3461	0.0799	0.3581	-40.7085	-14.9813	-78.748
15	2.1878	0.6517	-0.4942	1.9262	-0.4875	1.2047	0.1082	0.035	0.3476	0.1187	-0.0662	0.1009	-0.3098	0.0118	-0.0372	0.351	-0.0093	0.0384	0.2644	0.0113	0.3344	-59.9964	0.6739	-60.5005
16	0.5595	0.2302	-0.0686	0.9189	-1.308	6.2845	-0.0527	0.0509	-0.0091	0.2077	0.103	0.0278	-0.1528	0.0734	-0.0546	0.2928	0.0086	0.0085	0.2459	-0.0083	0.3602	-16.4247	-2.0418	-4.0644
17	1.5078	-0.5939	-0.0084	1.3159	-0.2495	1.3551	0.0447	0.1775	-0.0746	-0.1049	0.0157	0.0873	0.2273	-0.0298	-0.0594	0.3108	-0.0453	0.0036	0.2537	-0.0089	0.25	-35.176	-9.9965	-27.4292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 193 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 194 through 436 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 3 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 103 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 135 through 157 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 158 through 193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 194 through 236 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 237 through 265 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 266 through 288 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 289 through 315 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 316 through 387 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 388 through 416 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 417 through 435 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 4 through 193 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 194 through 433 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 3 through 193 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 194 through 434 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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