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- PDB-6ht9: Mouse fetuin-B in complex with crayfish astacin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ht9
タイトルMouse fetuin-B in complex with crayfish astacin
要素
  • Astacin
  • Fetuin-B
キーワードHYDROLASE / peptidase inhibitor / metallopeptidase / astacin / ovastacin inhibitor / fetuin / cystatin
機能・相同性
機能・相同性情報


astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of protein processing / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity ...astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of protein processing / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / fertilization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / single fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / cell adhesion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Astacin-like metallopeptidase domain / : / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) ...Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Astacin-like metallopeptidase domain / : / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Astacin / Fetuin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Astacus astacus (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X. / Goulas, T. / Guevara, T. / Cuppari, A.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Structure of mammalian plasma fetuin-B and its mechanism of selective metallopeptidase inhibition.
著者: Cuppari, A. / Korschgen, H. / Fahrenkamp, D. / Schmitz, C. / Guevara, T. / Karmilin, K. / Kuske, M. / Olf, M. / Dietzel, E. / Yiallouros, I. / de Sanctis, D. / Goulas, T. / Weiskirchen, R. / ...著者: Cuppari, A. / Korschgen, H. / Fahrenkamp, D. / Schmitz, C. / Guevara, T. / Karmilin, K. / Kuske, M. / Olf, M. / Dietzel, E. / Yiallouros, I. / de Sanctis, D. / Goulas, T. / Weiskirchen, R. / Jahnen-Dechent, W. / Floehr, J. / Stoecker, W. / Jovine, L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Astacin
B: Fetuin-B
C: Astacin
D: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,46713
ポリマ－139,9714
非ポリマー1,4959
水82946
1
A: Astacin
B: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9738
ポリマ－69,9862
非ポリマー9876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
2
C: Astacin
D: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4945
ポリマ－69,9862
非ポリマー5083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.400, 85.800, 168.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Astacin / Crayfish small molecule proteinase


分子量: 28115.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Mature form spanning residues 50-251 plus a catalytic zinc ion.
由来: (天然) Astacus astacus (甲殻類) / 参照: UniProt: P07584, astacin
#2: タンパク質 Fetuin-B / Fetuin-like protein IRL685


分子量: 41870.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fetub / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9QXC1

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 51分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, polyethylene glycol 2000, sodium acetate, pH 4.6.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979182 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→84.4 Å / Num. obs: 22647 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 78.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.28 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 1.499 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.771 / Rrim(I) all: 1.567 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AST

1ast


解像度: 3.1→34.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 643 2.84 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 22624 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7691 Å20 Å20 Å2
2--4.9969 Å20 Å2
3----0.2278 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→34.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7899 0 90 46 8035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1411162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3692SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1392HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8193HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1079SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9184SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.25 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3258 -3.31 %
Rwork0.2625 2865 -
all0.2646 2963 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95280.93811.04645.83790.9164.070.07730.2381-0.02580.0642-0.1115-0.2223-0.1910.06290.0343-0.2981-0.0449-0.0228-0.11030.0365-0.283931.023513.605251.556
24.0581-2.91612.15473.7629-0.59580.71480.01620.3260.5029-0.14-0.09010.0333-0.2645-0.38530.0738-0.11320.14770.03960.26080.08670.0628-9.056120.072350.7201
35.442-2.79930.99130-3.20451.8711-0.05880.0323-0.1272-0.0341-0.07680.1593-0.1792-0.16980.1356-0.05930.0117-0.00470.0934-0.07280.040817.43089.461448.1372
46.77390.351-2.20595.5613-1.92496.8774-0.3789-0.2883-0.48150.22150.10710.0540.354-0.20160.27190.21960.0099-0.0256-0.1127-0.027-0.28477.3624-2.690566.4326
51.1858-2.09431.89535.15210.77681.53210.15530.84870.0815-0.54740.0021-0.1762-0.06970.1534-0.15740.04470.052-0.03560.56920.13390.2182-8.721217.350741.4016
65.25680.7490.573.06870.46053.963-0.08390.0387-0.46280.11710.0655-0.050.0097-0.05550.01840.1880.0261-0.0947-0.3226-0.0872-0.282347.749634.367875.5728
73.2267-3.2450.7514.7851-0.63061.473-0.4053-0.16810.06421.33090.28820.0796-1.0149-0.50130.11710.90470.18520.0043-0.2454-0.0016-0.229242.811974.617776.2569
80-1.3913-4.5261.93710.488900.00530.19540.3553-0.0140.0941-0.2567-0.38780.3518-0.09940.3470.1203-0.2125-0.0266-0.043-0.12852.242147.747178.895
92.8237-0.1297-0.99396.7655-2.80268.75080.01730.1718-0.062-0.0533-0.3837-0.63960.47540.88750.3665-0.08890.0349-0.05870.16150.0357-0.25963.653655.118459.9146
102.8648-0.2374-0.09692.4958-0.33850-0.0876-0.73330.12351.28490.09480.1412-0.5239-0.2241-0.00721.1940.1336-0.1273-0.1640.0428-0.082745.604577.283.4337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 202 A|999 - 999}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|29 - 145 B|1001 - 1012}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|146 - 160}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|161 - 272}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|303 - 388 B|501 - 502}
6X-RAY DIFFRACTION6{C|1 - 200 C|999 - 999}
7X-RAY DIFFRACTION7{D|28 - 145 D|1001 - 1011}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|146 - 160}
9X-RAY DIFFRACTION9{D|161 - 267}
10X-RAY DIFFRACTION10{D|303 - 388 D|501 - 501}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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