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万見
- PDB-6ht5: Oct4/Sox2:UTF1 structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ht5
タイトルOct4/Sox2:UTF1 structure
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*G)-3')
  • POU domain, class 5, transcription factor 1
  • Transcription factor SOX-2
キーワードTRANSCRIPTION / Cell reprogramming / transcription factor / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


diencephalon morphogenesis / olfactory placode formation / lens induction in camera-type eye / ectodermal cell fate commitment / response to benzoic acid / retina morphogenesis in camera-type eye / mesodermal cell fate commitment / HMG box domain binding / detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / pigment biosynthetic process ...diencephalon morphogenesis / olfactory placode formation / lens induction in camera-type eye / ectodermal cell fate commitment / response to benzoic acid / retina morphogenesis in camera-type eye / mesodermal cell fate commitment / HMG box domain binding / detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / pigment biosynthetic process / trophectodermal cell fate commitment / forebrain neuron differentiation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / blastocyst growth / adenohypophysis development / positive regulation of epithelial cell differentiation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / endodermal cell fate commitment / POU domain binding / germ-line stem cell population maintenance / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / neuron fate commitment / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuronal stem cell population maintenance / trophectodermal cell differentiation / male genitalia development / female germ cell nucleus / cell fate specification / germ cell nucleus / inner ear morphogenesis / tongue development / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / stem cell population maintenance / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of Notch signaling pathway / lung alveolus development / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / cellular response to cadmium ion / cytokine binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / regulation of neurogenesis / somatic stem cell population maintenance / blastocyst development / negative regulation of cell differentiation / neuroblast proliferation / cell fate commitment / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic organ development / response to retinoic acid / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to leukemia inhibitory factor / male germ cell nucleus / : / stem cell differentiation / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cerebral cortex development / chromatin DNA binding / Wnt signaling pathway / nuclear receptor activity / neuron differentiation / osteoblast differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors ...Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 5, transcription factor 1 / Transcription factor SOX-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.451 Å
データ登録者Vahokoski, J. / Meusch, D. / Groves, M. / Pogenberg, V. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Oct4/Sox2:UTF1 structure
著者: Vahokoski, J. / Pogenberg, V. / Wilmanns, M.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
D: Transcription factor SOX-2
E: POU domain, class 5, transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1374
ポリマ－41,1374
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.170, 165.170, 39.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6757.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6455.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Transcription factor SOX-2


分子量: 10092.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox2, Sox-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48432
#4: タンパク質 POU domain, class 5, transcription factor 1 / NF-A3 / Octamer-binding protein 3 / Oct-3 / Octamer-binding protein 4 / Oct-4 / Octamer-binding ...NF-A3 / Octamer-binding protein 3 / Oct-3 / Octamer-binding protein 4 / Oct-4 / Octamer-binding transcription factor 3 / OTF-3


分子量: 17831.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pou5f1, Oct-3, Oct-4, Otf-3, Otf3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20263

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM 4-morpholineethanesulfonic acid at pH 6.0, 33% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→48.62 Å / Num. obs: 8480 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 3.45→3.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O4X

1o4x


解像度: 3.451→47.68 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 683 8.06 %
Rwork0.2011 --
obs0.205 8479 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.451→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 879 0 0 2287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6473438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6491313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4515-3.71790.34851340.27431523X-RAY DIFFRACTION100
3.7179-4.09180.30471340.23311543X-RAY DIFFRACTION100
4.0918-4.68350.25311370.19521544X-RAY DIFFRACTION100
4.6835-5.8990.29121360.2081568X-RAY DIFFRACTION100
5.899-47.6850.19351420.17421618X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3861-2.218-5.51550.95132.13875.3647-0.09121.4253-1.83313.9639-0.03890.40574.793-2.05660.29882.2741-0.0536-0.24591.34380.15812.518632.43450.53462.09
26.49222.0418-0.27824.0871-3.26155.37241.0568-0.3507-0.28250.539-0.43261.49361.60290.0744-0.66331.3794-0.02150.14610.9764-0.05831.329717.027462.57896.065
36.64412.0084-1.49759.0570.7928.6353-0.98990.5013-0.71761.9475-0.80842.12691.9573-0.35671.63311.7372-0.14660.4942.0629-0.09952.8153-11.117160.469812.9915
45.1738-4.27270.15553.73610.43131.90230.27291.5947-2.742-2.151-0.8430.97060.44430.60690.16141.8187-0.0456-0.02611.4162-0.29153.1678-10.074354.68129.7545
53.31.9095-1.54143.80880.42294.7688-0.7152-1.1942-1.67780.68270.0994-0.28861.1340.5740.53141.34710.27470.05951.26260.03441.481323.376859.14244.4679
63.84140.65680.15056.6216-0.87035.51771.41211.527-1.0291-0.2938-0.6969-1.06750.79780.978-0.66351.06260.06410.13821.0924-0.1740.953737.944665.24330.4146
77.81283.84982.74145.40355.21365.15520.43470.2434-1.78872.41820.8571-0.56570.8810.7324-0.0921.87410.2347-0.1191.10380.21330.172237.427367.290111.22
86.46193.52495.64035.05912.63475.0514-1.04781.17821.9575-0.2315-1.15060.0412-0.33810.58991.3171.07790.26260.18341.1042-0.03090.763728.747377.3869-1.9889
97.5677-0.98624.38495.1533-3.98434.86440.38441.7193-1.1176-1.80930.11251.98721.33420.1789-0.14351.02020.06990.10421.2864-0.21871.197317.679661.1913-6.226
103.8077-2.7813.05293.49860.1495.43331.49721.97780.3761-0.6779-0.69230.30210.63540.0723-0.75060.87660.1140.10411.15380.16561.12585.48176.0006-9.9153
113.9857-3.3090.11385.2493-0.54662.3547-0.0065-0.35411.12340.35960.18180.0499-0.29390.3505-0.33880.81860.04270.04360.8871-0.24111.021814.348883.86850.1838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 3 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 4 through 13 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 14 through 20 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 4 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 1 through 29 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 30 through 45 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 46 through 66 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 67 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid -1 through 23 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 24 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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