PDB-6hrq: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with NCC-149

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hrq

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with NCC-149

要素

Histone deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen

機能・相同性

機能・相同性情報

histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.845 Å

データ登録者

Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants.
著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / ...

履歴

登録	2018年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hrq.cif.gz	684.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hrq.ent.gz	564.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hrq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hrq_validation.pdf.gz	517.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hrq_full_validation.pdf.gz	532.3 KB	表示
XML形式データ	6hrq_validation.xml.gz	70.4 KB	表示
CIF形式データ	6hrq_validation.cif.gz	102.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/6hrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/6hrq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hqyC 6hsfC 6hsgC 6hshC 6hskC 6hszC 6ht8C 6htgC 6hthC 6htiC 6httC 6htzC 6hu0C 6hu1C 6hu2C 6hu3C 4bz5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gxw-d 6hti-d 6htt-d 6htg-d 6hu2-d 6ht8-d 6hsf-d 4bz7-d 6hsg-d 6hqy-d 6tld-d 6gxu-d 6hu1-d 6hu0-d 6gxa-d 6hsh-d 6hsz-d 4cqf-d 5fue-d 6fu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase

B: Histone deacetylase

C: Histone deacetylase

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.430, 71.480, 99.260
Angle α, β, γ (deg.)	78.11, 75.54, 85.37
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone deacetylase 分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H660, histone deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 1217分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GM5 / ~{N}-oxidanyl-3-[1-(phenylsulfanylmethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]benzamide / NCC-149 分子量: 326.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₄O₂S
#5: 化合物	... ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド分子量: 73.094 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.845→50 Å / Num. obs: 152133 / % possible obs: 95.11 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.845→1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 14354 / CC_1/2: 0.659 / % possible all: 89.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZ5

4bz5

解像度: 1.845→47.158 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1832	7606	5 %
R_work	0.1498	-	-
obs	0.1515	152126	94.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.845→47.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13079	0	322	1160	14561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	18671
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.409	8062
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1986
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8445-1.8655	0.3733	202	0.3433	3837	X-RAY DIFFRACTION	76
1.8655-1.8874	0.2996	251	0.2678	4773	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8874-1.9104	0.2733	255	0.2453	4840	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9104-1.9346	0.2488	249	0.2104	4733	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9346-1.9601	0.2693	232	0.2029	4406	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9601-1.9869	0.2572	258	0.2032	4908	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9869-2.0153	0.2252	250	0.1876	4737	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0153-2.0454	0.2191	253	0.1851	4815	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0454-2.0774	0.226	252	0.1716	4783	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0774-2.1114	0.2059	258	0.1593	4915	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1114-2.1478	0.2017	254	0.1531	4818	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1478-2.1869	0.1783	255	0.1467	4838	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1869-2.2289	0.1965	257	0.1435	4894	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2289-2.2744	0.2063	255	0.147	4847	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2744-2.3239	0.1745	257	0.1427	4887	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3239-2.378	0.1852	261	0.1399	4947	X-RAY DIFFRACTION	96
2.378-2.4374	0.1705	255	0.1434	4847	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4374-2.5033	0.1838	253	0.1456	4802	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5033-2.577	0.1974	260	0.156	4949	X-RAY DIFFRACTION	97
2.577-2.6601	0.1886	260	0.1475	4941	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6601-2.7552	0.1783	259	0.1499	4917	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7552-2.8655	0.1931	258	0.1429	4900	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8655-2.9959	0.1841	259	0.1417	4927	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9959-3.1538	0.1653	257	0.1472	4885	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1538-3.3514	0.1837	260	0.143	4943	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3514-3.6101	0.1757	256	0.1372	4848	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6101-3.9732	0.1549	257	0.129	4885	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9732-4.5477	0.1377	258	0.1222	4909	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5477-5.728	0.1658	258	0.1344	4893	X-RAY DIFFRACTION	96
5.728-47.1736	0.1688	257	0.1615	4896	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7853	0.1366	-0.1613	0.4165	-0.2121	0.5476	-0.0023	-0.0761	-0.0303	0.0265	-0.0255	-0.0408	0.0042	0.0303	-0	0.1502	-0.0061	-0.0097	0.176	0.0011	0.1617	53.5385	25.4365	86.2645
2	0.6026	-0.2187	0.0494	0.3074	-0.0607	0.4787	0.0032	-0.0141	0.0316	-0.0012	-0.0193	-0.017	-0.0132	-0.0214	0	0.1409	-0.0021	-0.0025	0.1564	-0.0026	0.1639	88.7416	43.7636	70.3439
3	0.2609	-0.1075	-0.0767	0.7934	0.0096	0.5568	-0.0316	-0.011	-0.0153	-0.0674	0.0304	0.0208	-0.0234	-0.0266	0	0.1472	-0.0034	-0.0069	0.1223	0.0004	0.1351	44.4272	2.7639	40.6611
4	0.3998	0.0022	-0.2404	0.6352	0.0895	0.66	-0.0089	0.0345	-0.0468	-0.0242	-0.0136	-0.0045	-0.017	0.0361	0	0.1621	-0.009	0.0019	0.1551	-0.0034	0.1514	64.9683	36.3623	24.9245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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