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- PDB-6hq7: Structure of EAL Enzyme Bd1971 - cGMP bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hq7
タイトルStructure of EAL Enzyme Bd1971 - cGMP bound form
要素EAL Enzyme Bd1971
キーワードSIGNALING PROTEIN / EAL / cyclic-di-GMP / cAMP / Bdellovibrio
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / Signal transduction protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Cadby, I.T.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Nucleotide signaling pathway convergence in a cAMP-sensing bacterial c-di-GMP phosphodiesterase.
著者: Cadby, I.T. / Basford, S.M. / Nottingham, R. / Meek, R. / Lowry, R. / Lambert, C. / Tridgett, M. / Till, R. / Ahmad, R. / Fung, R. / Hobley, L. / Hughes, W.S. / Moynihan, P.J. / Sockett, R.E. / Lovering, A.L.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EAL Enzyme Bd1971
B: EAL Enzyme Bd1971
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3566
ポリマ－89,6172
非ポリマー7394
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area33250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.570, 82.570, 134.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 401 / Label seq-ID: 1 - 396

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 EAL Enzyme Bd1971


分子量: 44808.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
遺伝子: Bd1971 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MLN6
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 0.2M Mg Formate pH 5.7 20% w/v PEG 3350 2.5 mM cGMP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→63.15 Å / Num. obs: 37250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 192538
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.46-2.525.40.59427520.7830.2820.658100
11-63.1550.0374210.9970.0180.04198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: used full length model

解像度: 2.46→63.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 24.989 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.264
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1857 5 %RANDOM
Rwork0.2213 ---
obs0.2229 35354 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.6 Å2 / Biso mean: 91.104 Å2 / Biso min: 53.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20.53 Å20 Å2
2--1.05 Å2-0 Å2
3----3.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→63.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5972 0 48 1 6021
Biso mean--66.54 57.55 -
残基数----749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.9788377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.013313841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5675758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62624.69290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.016151191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2451541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021208
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22262 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 116 -
Rwork0.329 2629 -
all-2745 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71230.4950.17021.9811-1.55671.80960.18930.1603-0.0394-0.13620.21580.22720.3058-0.1207-0.40510.10950.0611-0.04390.14640.02450.50816.4814.59722.516
23.16990.9154-0.15430.3895-0.11330.27170.0313-0.10550.4297-0.0118-0.02520.01330.07160.0018-0.00610.05580.0285-0.00130.19610.0730.3884-0.31815.50718.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 402
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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