PDB-4q6u: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Myco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q6u

タイトル

Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Mycobacterium tuberculosis

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Seattle Structural Genoics for Infectious Disease / Mycobacterium tuberculosis / Structural Genomics / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Rv3651-like, middle domain / Rv3651-like, N-terminal / : / Rv3651-like, N-terminal / Rv3651-like, middle domain / Rv3651-like, C-terminal domain / peptidoglycan-based cell wall / Rv3651-like N-terminal domain-containing protein / Rv3651-like N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Rv3651 is a triple sensor-domain protein.
著者: Abendroth, J. / Frando, A. / Phan, I.Q. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Edwards, T.E. / Grundner, C.

履歴

登録	2014年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q6u.cif.gz	271.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q6u.ent.gz	217.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q6u_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q6u_full_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示
XML形式データ	4q6u_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	4q6u_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/4q6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/4q6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hq5-d 6hq7-d 5t7e-d 6r5d-d 3wmr-d 4dvz-d 6r5e-d 3zec-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MytuD.18669.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

79 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.620, 73.020, 82.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-767- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 39374.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37RV / 遺伝子: MT3753 / プラスミド: MytuD.18669.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06357, UniProt: I6YCP0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.53	51.4
2	2.53	51.4

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PACT screen, F2: 200mM NaBr, 100mM BisTris propane, 20% PEG 3350; MytuD.18669.a.B1 at 20.2mg/ml, cryo 15% EG; tray 252936 f2, puck iqo4-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 6.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-F	1	0.97872
シンクロトロン	APS	21-ID-G	2	0.97856

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-225	1	CCD	2014年3月6日
RAYONIX MX-300	2	CCD	2014年3月20日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Diamond [111]	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Diamond [111]	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97872	1
2	0.97856	1

Reflection

数: 563190 / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.17 / D res high: 2.25 Å / Num. obs: 72498 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
2.25	2.31	5381	1	0.508
2.31	2.37	5232	1	0.429
2.37	2.44	5049	1	0.369
2.44	2.52	4950	1	0.292
2.52	2.6	4789	1	0.241
2.6	2.69	4644	1	0.203
2.69	2.79	4450	1	0.159
2.79	2.9	4335	1	0.125
2.9	3.03	4106	1	0.102
3.03	3.18	3948	1	0.076
3.18	3.35	3728	1	0.06
3.35	3.56	3548	1	0.049
3.56	3.8	3340	1	0.042
3.8	4.11	3094	1	0.037
4.11	4.5	2854	1	0.033
4.5	5.03	2571	1	0.032
5.03	5.81	2283	1	0.033
5.81	7.12	1908	1	0.03
7.12	10.06	1484	1	0.024

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 58701 / Num. obs: 57563 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.65

反射シェル

解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→30.047 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	2824	4.91 %
R_work	0.1815	-	-
obs	0.1833	57529	98.05 %
all	-	58701	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.913 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.047 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4860	0	16	443	5319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	6929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.893	1822
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9836	0.3091	145	0.2393	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9836-2.0197	0.2657	152	0.2174	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0585	0.2717	132	0.2106	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0585-2.1005	0.2848	134	0.2095	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1005-2.1462	0.2689	153	0.1983	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1462-2.1961	0.2546	135	0.1841	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.251	0.2205	137	0.1905	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.251-2.3119	0.2276	133	0.1857	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3119-2.3799	0.2192	159	0.182	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3799-2.4566	0.248	148	0.1848	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4566-2.5444	0.2029	133	0.1849	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5444-2.6462	0.2071	142	0.1856	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6462-2.7666	0.2442	146	0.1908	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7666-2.9123	0.2259	135	0.1942	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9123-3.0946	0.2843	141	0.2007	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0946-3.3333	0.2083	144	0.1871	2752	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3333-3.6682	0.215	149	0.1749	2705	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6682-4.1977	0.1926	128	0.1571	2714	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1977-5.284	0.1494	139	0.1484	2679	X-RAY DIFFRACTION	94
5.284-30.0505	0.2187	139	0.1884	2657	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3214	0.0952	0.3226	0.6471	0.0622	1.4483	0.0159	-0.1438	-0.0491	-0	0.0013	0.1217	-0.0155	-0.2016	-0.0261	0.184	0.0054	-0.0005	0.0774	0.022	0.1703	53.7902	15.7583	28.2391
2	1.0223	0.1586	0.2446	1.4539	-0.005	0.1344	-0.0796	0.095	-0.0776	-0.0717	-0.0055	0.1413	-0.0964	0.0448	0.0941	0.2036	-0.0091	-0.0152	0.1136	0.0232	0.1659	67.7956	16.5695	23.697
3	3.9001	-0.0306	0.2992	1.6146	-0.2461	1.9016	0.1361	-0.9997	0.1069	0.3607	-0.0874	-0.1408	-0.0274	0.8511	-0.0447	0.3422	-0.0337	-0.0095	0.6154	0.0148	0.2726	89.7106	19.0036	29.2399
4	0.2129	-0.5353	-0.0803	2.5708	1.6789	2.321	0.1144	1.0344	-0.9621	-0.1383	-0.5657	0.9934	0.4257	-1.0032	0.2804	0.4061	-0.0143	-0.0867	1.1252	-0.3768	0.5928	62.6739	15.7355	-21.4414
5	3.1495	0.0258	1.7397	0.6271	0.131	2.4876	0.0996	0.7792	0.1012	-0.1694	-0.2491	0.2091	0.0905	-0.3708	0.1074	0.3111	0.0767	-0.0117	0.6811	-0.0419	0.2715	75.7607	21.9331	-18.332
6	3.7953	-0.544	-0.3656	4.5587	-0.5272	3.2603	0.0227	0.3575	-0.2726	-0.3189	-0.0055	0.2005	0.1507	-0.0938	-0.0273	0.2869	0.0309	-0.0087	0.4298	-0.1205	0.2337	78.3557	19.9663	-12.3545
7	1.0211	1.0321	0.8231	1.9051	-0.376	8.3334	0.0678	-0.02	0.1803	-0.031	-0.0012	-0.0468	-0.0467	0.3772	-0.0443	0.2458	-0.0267	0.0302	0.1816	0.0269	0.1836	86.5111	22.1109	4.336
8	2.2957	-0.5514	1.6788	1.8397	-0.9106	2.2555	0.2253	0.0672	-0.0765	0.1384	-0.2385	-0.0794	0.6299	0.8146	0.0673	0.3152	0.0474	0.0332	0.4883	0.0703	0.2578	100.7268	19.6571	-4.1711
9	2.1276	-1.2922	0.6633	1.5973	-0.1911	2.3421	-0.0035	-0.4687	-0.0641	-0.0339	-0.3541	-0.6026	0.3592	1.1673	0.2365	0.3437	0.0658	0.0198	0.7715	0.1074	0.3109	101.6578	17.5629	3.2098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -5 through 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 164 through 227 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 228 through 339 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 54 through 163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 164 through 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 208 through 248 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 249 through 287 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 288 through 338 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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