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万見
- PDB-6hpg: Arabidopsis OM64 TPR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hpg
タイトルArabidopsis OM64 TPR domain
要素
  • Heat shock protein 90-4
  • Outer envelope protein 64, mitochondrial
キーワードPLANT PROTEIN / Tetratrico-peptide-repeat / Mitochondria / protein import / Arabodopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / protein import into mitochondrial matrix / apoplast / plant-type vacuole / protein targeting to mitochondrion / plastid / chloroplast stroma / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / mitochondrial outer membrane ...plant-type cell wall / protein import into mitochondrial matrix / apoplast / plant-type vacuole / protein targeting to mitochondrion / plastid / chloroplast stroma / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / mitochondrial outer membrane / mRNA binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer envelope protein 64, mitochondrial / Heat shock protein 90-4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schwenkert, S.
引用ジャーナル: Mitochondrion / 年: 2019
タイトル: Phosphorylation of the outer membrane mitochondrial protein OM64 influences protein import into mitochondria.
著者: Nickel, C. / Horneff, R. / Heermann, R. / Neumann, B. / Jung, K. / Soll, J. / Schwenkert, S.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer envelope protein 64, mitochondrial
B: Outer envelope protein 64, mitochondrial
C: Outer envelope protein 64, mitochondrial
D: Outer envelope protein 64, mitochondrial
E: Outer envelope protein 64, mitochondrial
F: Outer envelope protein 64, mitochondrial
a: Heat shock protein 90-4
b: Heat shock protein 90-4
c: Heat shock protein 90-4
d: Heat shock protein 90-4
e: Heat shock protein 90-4
f: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,10912
ポリマ－88,10912
非ポリマー00
水10,971609
1
A: Outer envelope protein 64, mitochondrial
a: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6852
ポリマ－14,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
2
B: Outer envelope protein 64, mitochondrial
b: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6852
ポリマ－14,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
3
C: Outer envelope protein 64, mitochondrial
c: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6852
ポリマ－14,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6940 Å2
手法PISA
4
D: Outer envelope protein 64, mitochondrial
d: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6852
ポリマ－14,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7110 Å2
手法PISA
5
E: Outer envelope protein 64, mitochondrial
e: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6852
ポリマ－14,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6940 Å2
手法PISA
6
F: Outer envelope protein 64, mitochondrial
f: Heat shock protein 90-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6852
ポリマ－14,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.388, 61.135, 106.563
Angle α, β, γ (deg.)87.570, 87.990, 78.260
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Outer envelope protein 64, mitochondrial / Mitochondrial outer membrane protein 64 / mtOM64 / Translocon at the outer membrane of chloroplasts ...Mitochondrial outer membrane protein 64 / mtOM64 / Translocon at the outer membrane of chloroplasts 64-V / AtTOC64-V


分子量: 13789.916 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: OM64, TOC64-V, At5g09420, T5E8.220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4KCL7
#2: タンパク質・ペプチド
Heat shock protein 90-4 / AtHsp90-4 / Heat shock protein 81-4 / Hsp81-4


分子量: 894.967 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HSP90-4, HSP81-4, At5g56000, MDA7.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O03986
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid, pH 3.5, 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.91 Å / Num. obs: 45460 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.111.70.45464510.4540.64289.3
6.32-29.071.80.02713920.0270.03889.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
ADDREFデータ削減
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VYI

2vyi


解像度: 2→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 6.886 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.217
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 2395 5.3 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.1864 43064 92.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.59 Å2 / Biso mean: 32.094 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.64 Å20.69 Å20.01 Å2
2---2.64 Å2-0.9 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5988 0 0 609 6597
Biso mean---36.3 -
残基数----755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9548122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.963313687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5135746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.16124.6300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.572151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0121544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021417
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 187 -
Rwork0.333 3026 -
all-3213 -
obs--88.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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