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- PDB-6hpb: Crystal structure of the E.coli HicAB toxin-antitoxin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hpb
タイトルCrystal structure of the E.coli HicAB toxin-antitoxin complex
要素
  • Antitoxin HicB
  • mRNA interferase toxin HicA
キーワードTOXIN / toxin-antitoxin / TA / protein complex / DNA-binding / TA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / regulation of growth / response to stress / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HicA mRNA interferase family / HicA superfamily / HicA toxin of bacterial toxin-antitoxin, / : / HicB-like antitoxin of toxin-antitoxin system / HicB_like antitoxin of bacterial toxin-antitoxin system / TTHA1013/TTHA0281-like / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. ...HicA mRNA interferase family / HicA superfamily / HicA toxin of bacterial toxin-antitoxin, / : / HicB-like antitoxin of toxin-antitoxin system / HicB_like antitoxin of bacterial toxin-antitoxin system / TTHA1013/TTHA0281-like / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin HicB / Probable mRNA interferase toxin HicA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
Escherichia coli 2-222-05_S4_C3 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Manav, M.C. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0030646 デンマーク
Danish National Research FoundationDNRF120 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The E. coli HicB Antitoxin Contains a Structurally Stable Helix-Turn-Helix DNA Binding Domain.
著者: Manav, M.C. / Turnbull, K.J. / Jurenas, D. / Garcia-Pino, A. / Gerdes, K. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA interferase toxin HicA
B: Antitoxin HicB
C: mRNA interferase toxin HicA
D: Antitoxin HicB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9687
ポリマ－44,6804
非ポリマー2883
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.000, 100.000, 88.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-387-

HOH

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要素

#1: タンパク質 mRNA interferase toxin HicA / Endoribonuclease HicA / Toxin HicA


分子量: 6890.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: hicA, yncN, b4532, JW5230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P76106, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin HicB


分子量: 15449.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 2-222-05_S4_C3 (大腸菌)
遺伝子: hicB, ydcQ, b1438, JW1433 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P67697
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate 4.6 2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→62.03 Å / Num. obs: 23248 / % possible obs: 97.54 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 79.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0551 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 2.28→2.362 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2320 / CC1/2: 0.672 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→62.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 --
Rwork0.2411 --
obs-23243 97.56 %
原子変位パラメータBiso mean: 79.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→62.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 15 153 3204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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