[日本語] English
万見
- PDB-2f42: dimerization and U-box domains of Zebrafish C-terminal of HSP70 i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f42
タイトルdimerization and U-box domains of Zebrafish C-terminal of HSP70 interacting protein
要素STIP1 homology and U-box containing protein 1
キーワードCHAPERONE / U-box
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glucocorticoid metabolic process / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / TPR domain binding / Hsp70 protein binding / Hsp90 protein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2020 / CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #2020 / CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Helix Hairpins / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Helix non-globular / Special / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, Z. / Nix, J.C. / Misra, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure and Interactions of the Helical and U-Box Domains of CHIP, the C Terminus of HSP70 Interacting Protein.
著者: Xu, Z. / Devlin, K.I. / Ford, M.G. / Nix, J.C. / Qin, J. / Misra, S.
履歴
登録2005年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STIP1 homology and U-box containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0412
ポリマ－21,0061
非ポリマー351
水1,27971
1
A: STIP1 homology and U-box containing protein 1
ヘテロ分子

A: STIP1 homology and U-box containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0824
ポリマ－42,0112
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area3050 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.499, 100.499, 74.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細Dimer generated from monomer in asymmetric unit by the operation (-Y, -X, -Z+1/6) and a dx=dy=dz=1 shift

-
要素

#1: タンパク質 STIP1 homology and U-box containing protein 1


分子量: 21005.748 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, Dimerization domain, U-box / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: stub1 (amino acids 112-284) / プラスミド: PET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZTZ6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 9% PEG3350, 100mM Bis-Tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2399, 0.9786
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.23991
20.97861
Reflection冗長度: 20.51 % / 数: 2 / Χ2: 0.96 / D res high: 2.8 Å / D res low: 38.04 Å / Num. obs: 5931 / % possible obs: 100 / Rejects: 412
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRejects
6.0338.0410010.0521.58279
4.796.0310010.0760.8821
4.184.7910010.070.7721
3.84.1810010.0990.8525
3.533.810010.1410.9214
3.323.5310010.2230.9823
3.153.3210010.3120.9716
3.023.1510010.4820.918
2.93.0210010.5590.893
2.82.910010.882
反射解像度: 2.5→50.25 Å / Num. all: 8099 / Num. obs: 8099 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.12 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 18.98 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.5730.4570.0750.9
2Se600.6310.5420.0630.933
3Se600.8060.2480.0440.705
4Se600.2410.4590.0580.494
Phasing dmFOM : 0.6 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.53 / 反射: 5770 / Reflection acentric: 4544 / Reflection centric: 1226
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8-19.9240.920.970.87279147132
5-80.850.910.72818572246
4-50.820.860.69983767216
3.5-40.690.730.52979789190
3-3.50.440.470.2817011409292
2.8-30.260.280.191010860150

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4LDzデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.09位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 424105.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 851 10.6 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.266 8008 99 %-
all-8099 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.1699 Å2 / ksol: 0.358994 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16 Å25.32 Å20 Å2
2---16 Å20 Å2
3---32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1144 0 1 71 1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 79 10.2 %
Rwork0.41 693 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る