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万見
- PDB-6hn7: Hijacking the Hijackers: Escherichia coli Pathogenicity Islands R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hn7
タイトルHijacking the Hijackers: Escherichia coli Pathogenicity Islands Redirect Helper Phage Packaging for Their Own Benefit.
要素
  • Redirecting phage packaging protein C (RppC)
  • Terminase small subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Redirecting packaging protein / Hetero-dimer / phage interference / Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, small subunit / sequence-specific DNA binding, bending / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage lambda, Nu1, terminase small subunit / Phage DNA packaging protein Nu1 / Putative DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Redirecting phage packaging protein C (RppC) / Terminase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia virus Lambda (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Penades, J.R. / Bacarizo, J. / Marina, A. / Alqasmi, M. / Fillol-Salom, A. / Roszak, A.W. / Ciges-Tomas, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council670932 英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Hijacking the Hijackers: Escherichia coli Pathogenicity Islands Redirect Helper Phage Packaging for Their Own Benefit.
著者: Fillol-Salom, A. / Bacarizo, J. / Alqasmi, M. / Ciges-Tomas, J.R. / Martinez-Rubio, R. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Chen, J. / Marina, A. / Penades, J.R.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redirecting phage packaging protein C (RppC)
B: Terminase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3012
ポリマ－29,3012
非ポリマー00
水36020
1
A: Redirecting phage packaging protein C (RppC)
B: Terminase small subunit

A: Redirecting phage packaging protein C (RppC)
B: Terminase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6024
ポリマ－58,6024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area7620 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.523, 101.004, 82.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Redirecting phage packaging protein C (RppC)


分子量: 17828.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CXXR01000010.1 / Variant: EC2733.1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5H1ZR32*PLUS
#2: タンパク質 Terminase small subunit / DNA-packaging protein Nu1 / Gene product Nu1 / gpNu1


分子量: 11472.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: All alpha proteins, Putative DNA-binding domain, Hetero-dimer complex, Terminase gpNU1 subunit domain, Bacteriophage lambda The first three Ala residues at the beginning of the sequence from ...詳細: All alpha proteins, Putative DNA-binding domain, Hetero-dimer complex, Terminase gpNU1 subunit domain, Bacteriophage lambda The first three Ala residues at the beginning of the sequence from coordinates come from the purification tag.
由来: (組換発現) Escherichia virus Lambda (ウイルス)
遺伝子: Nu1, lambdap01
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P03707
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M AcONa pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50.5 Å / Num. obs: 5163 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 18007 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.183.60.10530178320.9920.0660.1256.798.7
9-50.530.0446592180.9910.030.05415.595.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
autoPROCデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HLK, 1J9I

6hlk

1j9i


解像度: 3→50.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 0.01 / SU ML: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.5774 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.577 / ESU R Free: 0.614
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3321 509 9.9 %RANDOM
Rwork0.3124 ---
obs0.3143 4654 96.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.1 Å2 / Biso mean: 67.198 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.57 Å20 Å20 Å2
2--20.02 Å20 Å2
3----10.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→50.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 0 20 1604
Biso mean---54.45 -
残基数----204
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 38 -
Rwork0.387 351 -
all-389 -
obs--98.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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