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- PDB-6hn4: Leucine-zippered human insulin receptor ectodomain with single bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hn4
タイトルLeucine-zippered human insulin receptor ectodomain with single bound insulin - "lower" membrane-proximal part
要素Insulin receptor,Insulin receptor,General control protein GCN4
キーワードSIGNALING PROTEIN / insulin / insulin receptor ectodomain / signal transdution
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / positive regulation of meiotic cell cycle / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / insulin-like growth factor II binding ...regulation of female gonad development / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / positive regulation of meiotic cell cycle / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / exocrine pancreas development / Oxidative Stress Induced Senescence / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / insulin binding / adrenal gland development / neuronal cell body membrane / PTB domain binding / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of receptor internalization / regulation of embryonic development / insulin receptor substrate binding / protein kinase activator activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / epidermis development / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / heart morphogenesis / cellular response to nutrient levels / transport across blood-brain barrier / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Insulin receptor recycling / amino acid biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / dendrite membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / receptor-mediated endocytosis / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of D-glucose import / learning / receptor protein-tyrosine kinase / caveola / cellular response to growth factor stimulus / receptor internalization / RNA polymerase II transcription regulator complex / memory / male gonad development / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / late endosome / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / protein autophosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein tyrosine kinase activity / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / endosome membrane / lysosome / receptor complex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / DNA-binding transcription factor activity / axon / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / symbiont entry into host cell / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / : / Basic region leucine zipper / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily ...Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / : / Basic region leucine zipper / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4 / Insulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Weis, F. / Menting, J.G. / Margetts, M.B. / Chan, S.J. / Xu, Y. / Tennagels, N. / Wohlfart, P. / Langer, T. / Mueller, C.W. / Dreyer, M.K. / Lawrence, M.C.
資金援助 オーストラリア, 米国, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1099595 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1128553 オーストラリア
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK013914 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)UC DRTC DK020595 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The signalling conformation of the insulin receptor ectodomain.
著者: Felix Weis / John G Menting / Mai B Margetts / Shu Jin Chan / Yibin Xu / Norbert Tennagels / Paulus Wohlfart / Thomas Langer / Christoph W Müller / Matthias K Dreyer / Michael C Lawrence /
要旨: Understanding the structural biology of the insulin receptor and how it signals is of key importance in the development of insulin analogs to treat diabetes. We report here a cryo-electron microscopy ...Understanding the structural biology of the insulin receptor and how it signals is of key importance in the development of insulin analogs to treat diabetes. We report here a cryo-electron microscopy structure of a single insulin bound to a physiologically relevant, high-affinity version of the receptor ectodomain, the latter generated through attachment of C-terminal leucine zipper elements to overcome the conformational flexibility associated with ectodomain truncation. The resolution of the cryo-electron microscopy maps is 3.2 Å in the insulin-binding region and 4.2 Å in the membrane-proximal region. The structure reveals how the membrane proximal domains of the receptor come together to effect signalling and how insulin's negative cooperativity of binding likely arises. Our structure further provides insight into the high affinity of certain super-mitogenic insulins. Together, these findings provide a new platform for insulin analog investigation and design.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Insulin receptor,Insulin receptor,General control protein GCN4
F: Insulin receptor,Insulin receptor,General control protein GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,7848
ポリマ－213,4562
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4080 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area37960 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Insulin receptor,Insulin receptor,General control protein GCN4 / IR / IR / Amino acid biosynthesis regulatory protein


分子量: 106728.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: INSR, GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C / プラスミド: pEE14 / 株: ATCC 204508 / S288c / 細胞株 (発現宿主): Lec8
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06213, UniProt: P03069, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Leucine zippered human insulin receptor ectodomain (IR-A isoform, "deltabeta" mutant) in complex with insulin and two Fv 83-7 modules : "lower" membrane-proximal part
タイプ: COMPLEX
詳細: Note: Attached to the leucine-zippered insulin receptor ectodomain are two Fv 83-7 modules. One of these is present within this map volume but it is very poorly ordered and thus left ...詳細: Note: Attached to the leucine-zippered insulin receptor ectodomain are two Fv 83-7 modules. One of these is present within this map volume but it is very poorly ordered and thus left completely unmodelled. See the manuscript for further details.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
細胞: Lec8 / プラスミド: pEE14
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPES-NaOH1
20.02 %sodium azide1
試料濃度: 0.094 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 1.85 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2287
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13-2998_1692: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
8Coot0.8.7モデルフィッティング
10PHENIX1.13-2998-1692モデル精密化
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
13RELION2.1分類
14RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 747074
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98481 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 4ZXB

4zxb


Accession code: 4ZXB / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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