[日本語] English
万見
- PDB-6hm5: Crystal structure of TOPBP1 BRCT0,1,2 in complex with a RAD9 phos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hm5
タイトルCrystal structure of TOPBP1 BRCT0,1,2 in complex with a RAD9 phosphopeptide
要素
  • Cell cycle checkpoint control protein RAD9A
  • DNA topoisomerase II binding protein 1
キーワードCELL CYCLE / BRCT domain phosphopeptide recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Processing of DNA double-strand break ends / broken chromosome clustering / checkpoint clamp complex / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity ...HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Processing of DNA double-strand break ends / broken chromosome clustering / checkpoint clamp complex / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / response to ionizing radiation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / 3'-5' exonuclease activity / male germ cell nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / cellular response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / SH3 domain binding / histone deacetylase binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / actin cytoskeleton / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA repair / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rad9 / Rad9 / : / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / Secretoglobin superfamily / Rad9/Ddc1 / twin BRCT domain / BRCT domain ...Rad9 / Rad9 / : / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / Secretoglobin superfamily / Rad9/Ddc1 / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / : / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase II binding protein 1 / Cell cycle checkpoint control protein RAD9A
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.33003812226 Å
データ登録者Day, M. / Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: BRCT domains of the DNA damage checkpoint proteins TOPBP1/Rad4 display distinct specificities for phosphopeptide ligands.
著者: Day, M. / Rappas, M. / Ptasinska, K. / Boos, D. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase II binding protein 1
B: Cell cycle checkpoint control protein RAD9A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3682
ポリマ－34,3682
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.050, 34.070, 66.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase II binding protein 1


分子量: 33156.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TOPBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D5P3M9
#2: タンパク質・ペプチド Cell cycle checkpoint control protein RAD9A / hRAD9 / DNA repair exonuclease rad9 homolog A


分子量: 1212.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99638, exodeoxyribonuclease III
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM bicine/Trizma base pH 8.5, 300 mM diethyleneglycol, 300 mM triethyleneglycol, 300 mM tetraethyleneglycol, 300 mM pentaethyleneglycol, 10% w/v PEG 20000 and 20% v/v PEG MME 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91407 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91407 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→38.7 Å / Num. obs: 11242 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 39.53 Å2 / Net I/σ(I): 9.72
反射 シェル解像度: 2.33→2.413 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.33003812226→38.6991869814 Å / SU ML: 0.299558096022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34353251682 / 位相誤差: 24.5216819247
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241491216096 1125 10.0071161715 %
Rwork0.201270613267 --
obs0.205336955188 11242 99.0048436812 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.5979895974 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33003812226→38.6991869814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 0 59 2115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002432412456822095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5163548218752828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429592405889319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00252518089053354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.28432706891276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.43610.3121051029941410.2495512939051274X-RAY DIFFRACTION99.298245614
2.4361-2.56450.2837552137271380.2251815852851239X-RAY DIFFRACTION99.7103548154
2.5645-2.72510.3151221586221400.2043453672941255X-RAY DIFFRACTION99.5717344754
2.7251-2.93540.2545216210951390.2045197999241253X-RAY DIFFRACTION99.7134670487
2.9354-3.23070.2626862089571410.2203216794011269X-RAY DIFFRACTION99.3657505285
3.2307-3.69790.237772618661410.1881560762011266X-RAY DIFFRACTION98.667601683
3.6979-4.65770.1800499144191380.180769686321253X-RAY DIFFRACTION98.1651376147
4.6577-38.70450.2479887854951470.2033022901331308X-RAY DIFFRACTION97.6510067114

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る