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- PDB-6hm4: Crystal structure of Rad4 BRCT1,2 in complex with a Mdb1 phosphop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hm4
タイトルCrystal structure of Rad4 BRCT1,2 in complex with a Mdb1 phosphopeptide
要素
  • DNA damage response protein Mdb1
  • S-M checkpoint control protein rad4
キーワードCELL CYCLE / BRCT domain phosphopeptide recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / signaling adaptor activity / mitotic spindle / site of double-strand break ...mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / signaling adaptor activity / mitotic spindle / site of double-strand break / chromatin / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA damage response protein Mdb1 / S-M checkpoint control protein rad4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.77018592355 Å
データ登録者Day, M. / Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: BRCT domains of the DNA damage checkpoint proteins TOPBP1/Rad4 display distinct specificities for phosphopeptide ligands.
著者: Day, M. / Rappas, M. / Ptasinska, K. / Boos, D. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-M checkpoint control protein rad4
B: DNA damage response protein Mdb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1124
ポリマ－22,9912
非ポリマー1212
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.170, 40.000, 54.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 S-M checkpoint control protein rad4 / P74 / Protein cut5


分子量: 21286.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: rad4, cut5, SPAC23C4.18c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32372
#2: タンパク質・ペプチド DNA damage response protein Mdb1 / BRCT domain protein Mdb1 / Midzone and DNA break-localizing protein 1


分子量: 1704.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14079
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM Sodium acetate trihydrate, 100 mM Tris 8.5 and 30 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→31.94 Å / Num. obs: 19339 / % possible obs: 93.07 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.48 Å2 / Net I/σ(I): 16.52
反射 シェル解像度: 1.77→1.833 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.77018592355→31.9379091525 Å / SU ML: 0.232410282223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36458498044 / 位相誤差: 22.5724322855
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211405870627 991 5.1246250905 %
Rwork0.166370856717 --
obs0.16857933455 19338 93.083032491 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.6342605533 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77018592355→31.9379091525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 0 8 288 1827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006478079138321595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8334057742592167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515908156085242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00542070517148272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.707474504181299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7702-1.86350.3554132945821280.2752398766252010X-RAY DIFFRACTION72.3274695535
1.8635-1.98020.2560246568871400.2093214939972555X-RAY DIFFRACTION91.6666666667
1.9802-2.13310.2384890264761390.1738189521472748X-RAY DIFFRACTION98.2306907111
2.1331-2.34770.2275240409131560.1607466581942744X-RAY DIFFRACTION98.4051577876
2.3477-2.68730.21508082081390.1650501571952775X-RAY DIFFRACTION98.147524419
2.6873-3.38510.1967984848691450.1585111396412754X-RAY DIFFRACTION97.1514745308
3.3851-31.94310.1774916306841440.1520049919252761X-RAY DIFFRACTION95.6221198157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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