[日本語] English
万見
- PDB-6hl6: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and iASPP(6... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hl6
タイトルFactor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and iASPP(670-693)
要素
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
  • RelA-associated inhibitor
キーワードGENE REGULATION / NON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / DOUBLE STRANDED BETA-HELIX / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX / OXIDOREDUCTASE / ANKYRIN REPEAT DOMAIN / APOPTOSIS / P53 BINDING PROTEIN / ANK REPEAT / SH3 DOMAIN / ANKYRIN REPEATS
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organismal-level homeostasis / cardiac right ventricle morphogenesis / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / embryonic camera-type eye development / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / hair cycle / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia ...multicellular organismal-level homeostasis / cardiac right ventricle morphogenesis / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / embryonic camera-type eye development / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / hair cycle / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / ventricular cardiac muscle tissue development / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / intercellular bridge / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / cardiac muscle contraction / post-embryonic development / positive regulation of cell differentiation / ferrous iron binding / multicellular organism growth / transcription corepressor activity / cell junction / cadherin binding / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RelA-associated inhibitor / RelA-associated inhibitor, SH3 domain / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Variant SH3 domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain ...RelA-associated inhibitor / RelA-associated inhibitor, SH3 domain / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Variant SH3 domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / RelA-associated inhibitor / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Leissing, T.M. / Chowdhury, R. / Clifton, I.J. / Lu, X. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilP/G03706X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and iASPP(670-693)
著者: Leissing, T.M. / Chowdhury, R. / Clifton, I.J. / Lu, X. / Schofield, C.J.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
S: RelA-associated inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,79712
ポリマ－42,8362
非ポリマー96110
水4,216234
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
S: RelA-associated inhibitor
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
S: RelA-associated inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,59424
ポリマ－85,6724
非ポリマー1,92220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area29560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.084, 86.084, 148.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AS

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40415.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド RelA-associated inhibitor / Inhibitor of ASPP protein / Protein iASPP / NFkB-interacting protein 1 / PPP1R13B-like protein


分子量: 2420.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUF5

-
非ポリマー , 5種, 244分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH = 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, 3.5% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→74.51 Å / Num. obs: 40372 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.48 % / CC1/2: 0.9879 / Rmerge(I) obs: 0.0743 / Net I/σ(I): 14081
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.9799 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1980 / CC1/2: 0.5429 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k


解像度: 1.97→74.507 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1986 4.96 %
Rwork0.1706 --
obs0.1724 40055 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→74.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 56 234 3083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9564026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8851729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9698-2.01910.30841650.31162587X-RAY DIFFRACTION97
2.0191-2.07370.33811300.28892657X-RAY DIFFRACTION99
2.0737-2.13470.31541380.25372672X-RAY DIFFRACTION99
2.1347-2.20360.33031200.22492679X-RAY DIFFRACTION99
2.2036-2.28240.24471180.19842683X-RAY DIFFRACTION99
2.2824-2.37380.2071500.18242687X-RAY DIFFRACTION99
2.3738-2.48180.22051460.16222691X-RAY DIFFRACTION100
2.4818-2.61260.18921310.16392713X-RAY DIFFRACTION100
2.6126-2.77630.19581320.16352734X-RAY DIFFRACTION100
2.7763-2.99070.18811430.16242701X-RAY DIFFRACTION100
2.9907-3.29170.20061330.16362756X-RAY DIFFRACTION100
3.2917-3.7680.18591580.1472755X-RAY DIFFRACTION100
3.768-4.74710.14711580.12542797X-RAY DIFFRACTION100
4.7471-74.56030.23071640.18832957X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26460.30961.4451.49981.02643.209-0.30140.76370.9958-0.4148-0.16210.0979-0.61040.06470.43060.38180.0118-0.02130.67050.28820.6386-13.142731.9862-22.9711
23.2433-0.21651.84071.6173-0.99552.4681-0.1401-0.27020.33730.17070.06360.2238-0.2349-0.40450.11990.20490.07860.05330.46860.09550.3542-23.550324.5129-12.4534
36.6736-4.4047-0.50886.44280.30420.0424-0.9081-1.37570.04131.59830.5483-0.2656-0.404-0.61670.26450.7220.169-0.00260.88290.02590.3948-15.883322.94878.7136
47.69172.5675-0.52753.4801-0.43563.01350.0003-0.85520.97930.567-0.03480.0938-0.7898-0.55830.07580.53750.25070.02790.6785-0.05430.491-24.794636.41180.8886
53.7128-0.6491.45531.70440.21181.23070.1263-0.4741-0.14550.21490.06130.27010.1084-0.7114-0.0670.21720.00410.04520.57970.15530.3467-30.409416.5721-13.6395
62.9835-0.5711.52761.1715-0.61222.8303-0.08350.01590.29060.14050.0417-0.0357-0.1316-0.0220.04280.20160.0220.02190.36960.09820.3009-9.602522.1895-7.9935
74.4036-0.63291.42250.4875-0.11651.9327-0.0010.15050.34160.0789-0.0193-0.0067-0.13150.02170.02370.20040.01590.01790.39790.1230.3325-10.906124.162-12.8527
85.3035-0.20912.55453.4782-0.14114.8670.24530.1176-0.5999-0.28480.02810.20080.5093-0.0117-0.28920.31770.0389-0.07740.31720.06740.3358-6.60022.5111-7.9868
94.5309-1.5327-3.40622.76851.72114.3446-0.04150.0940.09440.30780.0112-0.1315-0.2598-0.4739-0.05250.48020.0764-0.09410.34040.02110.30266.96085.13895.0613
104.1748-3.52-3.50113.06442.87593.04180.30040.799-2.814-0.0628-0.43360.28372.0819-0.87040.08460.9685-0.1171-0.05940.863-0.12941.0256-6.9668-4.909-6.3822
114.5261-1.7144.52212.0129-1.07235.0063-0.4966-0.8722-0.48350.51650.74770.21030.4514-0.2077-0.26240.41690.01320.07080.81560.2190.6563-16.451911.2148-3.7562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 125 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 191 through 247 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 248 through 297 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 298 through 329 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 330 through 349 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'S' and (resid 674 through 679 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'S' and (resid 680 through 690 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る