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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hjz | ||||||
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タイトル | Xray structure of GLIC in complex with succinate | ||||||
要素 | Proton-gated ion channel | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Pentameric Ligand-Gated Ion channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gloeobacter violaceus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Fourati, Z. / Delarue, M. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Structural evidence for the binding of monocarboxylates and dicarboxylates at pharmacologically relevant extracellular sites of a pentameric ligand-gated ion channel. 著者: Fourati, Z. / Sauguet, L. / Delarue, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hjz.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hjz.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hjz_validation.pdf.gz | 6.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hjz_full_validation.pdf.gz | 6.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6hjz_validation.xml.gz | 116.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hjz_validation.cif.gz | 151 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 22分子 ABCDEFGHIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8 #5: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 5種, 289分子
#2: 化合物 | ChemComp-PLC / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-SIN / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 100 mM NaSuccinate pH4 400 mM NaIsothiocynate 12-15% PEG4000 2% DMSO 15% glycerol |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→12 Å / Num. obs: 254093 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 68.46 Å2 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9276 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.175 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
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原子変位パラメータ | Biso mean: 75.49 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.433 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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