PDB-6hjz: Xray structure of GLIC in complex with succinate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hjz

タイトル

Xray structure of GLIC in complex with succinate

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric Ligand-Gated Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural evidence for the binding of monocarboxylates and dicarboxylates at pharmacologically relevant extracellular sites of a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Fourati, Z. / Sauguet, L. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hjz.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hjz.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hjz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hjz_validation.pdf.gz	6.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hjz_full_validation.pdf.gz	6.3 MB	表示
XML形式データ	6hjz_validation.xml.gz	116.2 KB	表示
CIF形式データ	6hjz_validation.cif.gz	151 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hj3C 6hjaC 6hjbC 6hjiC 6hppC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hz1-d 6hj3-d 4hfe-d 3uu5-d 5mvm-d 6f0r-d 6f16-d 3uu8-d 6hjb-d 4ila-d 6hji-d 3uu6-d 4hfh-d 3uub-2 4hfi-d 3uub-1 4zzc-d 4hfc-d 4qh1-d 6hyw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

F: Proton-gated ion channel

G: Proton-gated ion channel

H: Proton-gated ion channel

I: Proton-gated ion channel

J: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

391 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
195 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Proton-gated ion channel

G: Proton-gated ion channel

H: Proton-gated ion channel

I: Proton-gated ion channel

J: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.713, 132.489, 320.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 22分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 289分子

#2: 化合物	... ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM NaSuccinate pH4 400 mM NaIsothiocynate 12-15% PEG4000 2% DMSO 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→12 Å / Num. obs: 254093 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 68.46 Å² / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 2.5→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9276 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU R_free Blow DPI: 0.175 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.184

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	12655	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2168	-	-	-
obs	0.2173	251740	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.722 Å²	0 Å²	17.3835 Å²
2-	-	-0.282 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.004 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.433 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25258	0	1030	213	26501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	26871	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	36454	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		9272	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		521	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3812	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		26871	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		3	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.51
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3531	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		29968	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	906	4.85 %
R_work	0.2622	17784	-
all	0.2617	18690	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5975	-0.3297	0.3255	0.388	-0.2343	1.164	0.0975	0.0415	0.1507	0.0437	0.0089	-0.0139	-0.2209	-0.1878	-0.1065	0.1308	0.0886	-0.1757	-0.0564	0.0587	-0.1883	-50.3872	19.5983	30.2815
2	1.0849	0.0129	0.9242	0.2482	0.2254	1.5292	0.0354	0.0199	-0.0486	0.1088	-0.0339	0.1295	-0.0244	-0.1241	-0.0015	0.0226	0.011	-0.1969	0.0408	-0.0091	-0.151	-62.3032	-1.706	36.4544
3	0.7162	0.1426	0.8903	0.5604	0.2786	2.0629	0.0141	0.0504	-0.1902	0.0409	-0.0436	0.0579	0.105	-0.0235	0.0294	0.0623	0.0158	-0.2472	-0.0762	-0.061	-0.1084	-48.1113	-21.1743	29.7338
4	0.6143	-0.0005	0.5559	0.3476	0.2917	2.0498	0.0088	0.1197	-0.1686	-0.0581	-0.024	-0.1202	-0.0152	0.1005	0.0152	0.0528	0.0497	-0.2095	-0.0495	-0.0928	-0.1267	-27.221	-12.0796	18.8387
5	0.641	-0.1693	0.68	0.3859	-0.461	2.2816	0.0816	0.0799	0.1409	-0.0546	-0.0466	-0.1673	-0.1538	0.0233	-0.035	0.1315	0.028	-0.1755	-0.0915	0.0314	-0.1557	-28.7072	13.2565	19.2866
6	0.6018	0.0786	0.6264	0.636	0.164	1.246	-0.0062	0.0799	0.0846	-0.0339	0.0842	-0.0784	-0.1033	0.079	-0.078	0.103	-0.0291	-0.14	-0.1201	-0.0024	-0.1008	15.9568	21.4074	125.9732
7	1.4949	-0.8399	2.0561	1.3454	-1.1329	3.3148	0.1533	0.1145	-0.2039	0.1259	0.1123	-0.2002	0.1991	0.0736	-0.2656	-0.2758	-0.0968	0.1136	0.052	0.0368	-0.1472	28.1971	0.315	120.1602
8	0.4858	-0.026	0.2696	0.486	-0.0816	0.9845	0.0337	-0.0036	-0.2231	-0.0316	-0.0285	-0.0337	0.126	-0.0189	-0.0053	0.0799	-0.0196	-0.1938	-0.1485	0.0299	-0.0442	14.1036	-19.1285	127.4286
9	0.5839	0	0.5809	0.517	-0.3552	2.0764	0.0049	0.0181	-0.0971	0.1266	0.0041	0.1396	-0.05	-0.0956	-0.0089	0.07	-0.0332	-0.1659	-0.1623	0.0331	-0.0603	-6.8131	-10.2489	138.3373
10	0.6337	0.1017	0.5684	0.5192	0.3327	1.4253	0.0154	0.0499	0.1326	0.0924	-0.0425	0.1389	-0.0933	-0.0357	0.027	0.0973	0.0245	-0.138	-0.1598	-0.0087	-0.0601	-5.7592	14.8525	137.169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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