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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hjr | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of full-length Influenza Hemagglutinin with tilted transmembrane (A/duck/Alberta/35/76[H1N1]) | ||||||||||||||||||||||||
![]() | (Hemagglutinin) x 2 | ||||||||||||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza virus / Hemagglutinin / Membrane protein / Membrane fusion | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Benton, D.J. / Rosenthal, P.B. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Influenza hemagglutinin membrane anchor. 著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / ...著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / ![]() ![]() ![]() 要旨: Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the ...Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the hemagglutinin (HA), the 3D structure of which is known from X-ray crystallographic studies. The soluble ectodomain fragments used in these studies lacked the "membrane anchor" portion of the molecule. Since this region has a role in membrane fusion, we have determined its structure by analyzing the intact, full-length molecule in a detergent micelle, using cryo-EM. We have also compared the structures of full-length HA-detergent micelles with full-length HA-Fab complex detergent micelles, to describe an infectivity-neutralizing monoclonal Fab that binds near the ectodomain membrane anchor junction. We determine a high-resolution HA structure which compares favorably in detail with the structure of the ectodomain seen by X-ray crystallography; we detect, clearly, all five carbohydrate side chains of HA; and we find that the ectodomain is joined to the membrane anchor by flexible, eight-residue-long, linkers. The linkers extend into the detergent micelle to join a central triple-helical structure that is a major component of the membrane anchor. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 232.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 35571.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q9WCE0, UniProt: P26562*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 23064.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P26562 |
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-糖 , 4種, 15分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.17 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41043 / 対称性のタイプ: POINT |