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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hj3 | |||||||||
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タイトル | Xray structure of GLIC in complex with fumarate | |||||||||
![]() | Proton-gated ion channel | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Pentameric Ligand-Gated Ion channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fourati, Z. / Delarue, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural evidence for the binding of monocarboxylates and dicarboxylates at pharmacologically relevant extracellular sites of a pentameric ligand-gated ion channel. 著者: Fourati, Z. / Sauguet, L. / Delarue, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 666.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 556.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: ![]() ![]() #5: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 5種, 64分子 ![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/FUM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/FUM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PLC / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-FUM / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 30 mM Na fumarate pH 4 12-15% PEG4000 400 mM Na Isothiocyanate 15% glycerol 2% DMSO |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 100756 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 79.95 Å2 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.9 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9328 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9224 / SU R Cruickshank DPI: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
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原子変位パラメータ | Biso mean: 89.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.406 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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