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- PDB-6hip: Structure of SPF45 UHM bound to HIV-1 Rev ULM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hip
タイトルStructure of SPF45 UHM bound to HIV-1 Rev ULM
要素
  • HIV-1 Rev (41-49)
  • Splicing factor 45
キーワードSPLICING / Splicing factor / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / mRNA cis splicing, via spliceosome / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation ...host cell nucleolus / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / mRNA cis splicing, via spliceosome / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / mRNA transport / viral process / mRNA Splicing - Major Pathway / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / spliceosomal complex / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SPF45, RNA recognition motif / Splicing factor 45 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif ...SPF45, RNA recognition motif / Splicing factor 45 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Protein Rev / Splicing factor 45
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pabis, M. / Corsini, L. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Modulation of HIV-1 gene expression by binding of a ULM motif in the Rev protein to UHM-containing splicing factors.
著者: Pabis, M. / Corsini, L. / Vincendeau, M. / Tripsianes, K. / Gibson, T.J. / Brack-Werner, R. / Sattler, M.
履歴
登録2018年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 45
B: Splicing factor 45
C: HIV-1 Rev (41-49)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8995
ポリマ－24,6713
非ポリマー2272
水5,819323
1
A: Splicing factor 45
C: HIV-1 Rev (41-49)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0613
ポリマ－13,0382
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
2
B: Splicing factor 45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8382
ポリマ－11,6331
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.210, 63.680, 67.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor 45 / 45 kDa-splicing factor / RNA-binding motif protein 17


分子量: 11633.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM17, SPF45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96I25
#2: タンパク質・ペプチド HIV-1 Rev (41-49)


分子量: 1404.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P04618*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22.5 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 6.0, 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→18.49 Å / Num. obs: 64821 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.82 % / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.18
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 9278 / Rrim(I) all: 0.647 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PE8

2pe8


解像度: 1.2→18.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.15 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17502 3242 5.1 %RANDOM
Rwork0.14893 ---
obs0.15022 60832 97.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 10.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→18.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 15 323 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.81.9792597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11534332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.575255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.65923.54893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.58915352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9561520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0160.699942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0150.697941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.311.0481186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.311.051187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5170.993966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5170.993967
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8921.3781398
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.0758.6782433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.8887.0992238
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.74333786
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.355570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.03653994
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 208 -
Rwork0.223 3902 -
obs--85.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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