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- PDB-6hhy: Klebsiella pneumoniae Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hhy
タイトルKlebsiella pneumoniae Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine
要素Serine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Coil-coil / Beta barrel / tRNA synthetase / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine / Serine--tRNA ligase / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Pang, L. / De Graef, S. / Weeks, S.D. / Strelkov, S.V.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersG077814N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0A4616N ベルギー
Research Foundation - Flanders1S53516N ベルギー
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases.
著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4008
ポリマ－48,6691
非ポリマー7317
水1,53185
1
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,80016
ポリマ－97,3382
非ポリマー1,46214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.721, 83.721, 228.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 48669.180 Da / 分子数: 1 / 断片: Seryl-tRNA synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: serS, AGG09_05015, B1727_25560, B4U21_07300, B4U22_08075, BB785_18280, BL124_0015080, BN49_2024, C3483_17160, C3F39_05595, C9J88_18700, CPT10_05250, CSC88_02630, CWQ24_18365, PMK1_03261, SM57_00973
プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS
参照: UniProt: W9BNU9, UniProt: A6T6Z0*PLUS, serine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FZT / 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine


分子量: 424.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N4O10S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, was mixed with an equal volume of 7.5% w/v PEG 8000, 50 mM CaCl2, 20% v/v ethylene glycol, 100 mM Morpheus ...詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, was mixed with an equal volume of 7.5% w/v PEG 8000, 50 mM CaCl2, 20% v/v ethylene glycol, 100 mM Morpheus buffer system 1 (MES/Imidazole) pH 6.5. Suitable crystals were soaked with 2 mM compound in a similar crystallization solution containing a 10% w/v PEG 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→76.14 Å / Num. obs: 57726 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 57.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 497991
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.98-2.099.12.33982510.7120.8172.4899.8
6.26-76.147.40.03220870.9990.0120.035100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER1.13-2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model generated from structure 2DQ3

2dq3


解像度: 2.27→67.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1950 5.06 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.214 38511 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 168.94 Å2 / Biso mean: 60.09 Å2 / Biso min: 35.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9464 Å20 Å20 Å2
2---8.9464 Å20 Å2
3---17.8928 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→67.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 43 85 3426
Biso mean--55.05 57.32 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1213SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes502HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3401HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion442SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3776SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3401HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4604HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.91
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 143 4.91 %
Rwork0.2248 2771 -
all0.2247 2914 -
obs--99.93 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.5872 Å / Origin y: -31.0369 Å / Origin z: -9.7036 Å
111213212223313233
T-0.0701 Å20.0471 Å2-0.0116 Å2--0.0702 Å20.0442 Å2---0.1236 Å2
L0.4251 °20.1137 °20.0505 °2-0.2973 °20.4012 °2--1.2879 °2
S0.0332 Å °-0.0427 Å °-0.0426 Å °-0.0567 Å °-0.0484 Å °-0.0602 Å °0.0626 Å °0.3265 Å °0.0152 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|*}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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