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- PDB-6hhj: Crystal Structure of AKT1 in Complex with Covalent-Allosteric AKT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hhj
タイトルCrystal Structure of AKT1 in Complex with Covalent-Allosteric AKT Inhibitor 24b
要素RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Akt1 / covalent-allosteric
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / response to insulin-like growth factor stimulus / potassium channel activator activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / negative regulation of lymphocyte migration / maintenance of protein location in mitochondrion / cellular response to rapamycin ...glycogen cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / response to insulin-like growth factor stimulus / potassium channel activator activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / negative regulation of lymphocyte migration / maintenance of protein location in mitochondrion / cellular response to rapamycin / cellular response to decreased oxygen levels / regulation of type B pancreatic cell development / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / maternal placenta development / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / establishment of protein localization to mitochondrion / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of glycogen biosynthetic process / AKT phosphorylates targets in the nucleus / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cilium assembly / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / positive regulation of organ growth / response to fluid shear stress / cellular response to peptide / negative regulation of endopeptidase activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / fibroblast migration / MTOR signalling / positive regulation of sodium ion transport / mammary gland epithelial cell differentiation / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of glucose metabolic process / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / response to growth hormone / response to growth factor / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / positive regulation of protein localization to cell surface / peripheral nervous system myelin maintenance / glycogen biosynthetic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of fibroblast migration / anoikis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to food / labyrinthine layer blood vessel development / response to UV-A / regulation of myelination / regulation of postsynapse organization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / execution phase of apoptosis / negative regulation of macroautophagy / CTLA4 inhibitory signaling / mammalian oogenesis stage / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of Notch signaling pathway / activation-induced cell death of T cells / behavioral response to pain / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / apoptotic mitochondrial changes / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / TOR signaling / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / eNOS activation / canonical NF-kappaB signal transduction / Cyclin E associated events during G1/S transition / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / phosphorylation / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / 14-3-3 protein binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / negative regulation of protein ubiquitination / striated muscle cell differentiation / positive regulation of endothelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain ...Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G4H / RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Landel, I. / Weisner, J. / Mueller, M.P. / Scheinpflug, R. / Rauh, D.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01GS08104 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01ZX1303C ドイツ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Structural and chemical insights into the covalent-allosteric inhibition of the protein kinase Akt.
著者: Uhlenbrock, N. / Smith, S. / Weisner, J. / Landel, I. / Lindemann, M. / Le, T.A. / Hardick, J. / Gontla, R. / Scheinpflug, R. / Czodrowski, P. / Janning, P. / Depta, L. / Quambusch, L. / ...著者: Uhlenbrock, N. / Smith, S. / Weisner, J. / Landel, I. / Lindemann, M. / Le, T.A. / Hardick, J. / Gontla, R. / Scheinpflug, R. / Czodrowski, P. / Janning, P. / Depta, L. / Quambusch, L. / Muller, M.P. / Engels, B. / Rauh, D.
履歴
登録2018年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3592
ポリマ－51,7461
非ポリマー6131
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.050, 71.370, 90.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Protein kinase B / PKB / Protein kinase B alpha / PKB alpha / Proto-oncogene c-Akt / RAC-PK-alpha


分子量: 51746.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT1, PKB, RAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31749, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-G4H / ~{N}-[1-methyl-2-oxidanylidene-3-[1-[[4-(5-oxidanylidene-3-phenyl-6~{H}-1,6-naphthyridin-2-yl)phenyl]methyl]piperidin-4-yl]benzimidazol-5-yl]propanamide


分子量: 612.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H36N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.25 mM Na-acetate, 3.75 mM Na-citrate, 15 % v/v PEG 2000 MME, pH 7.5, 3 mg/mL Akt1 (in 25 mM TRIS, 100 mM NaCl, 10 % Glycerol, 5 mM DTT, pH 7.5), 1ul reservoir + 1ul protein solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00000482378 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00000482378 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.812 Å / Num. obs: 20861 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 7.81
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.075 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2443 / CC1/2: 0.708 / Rrim(I) all: 1.103 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HHG

6hhg


解像度: 2.3→43.812 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1043 5 %
Rwork0.222 --
obs0.223 20854 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3378 0 46 120 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5924735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1051340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.42130.31171460.30572779X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.5730.35471460.29632780X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.77160.32311470.29112796X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-3.05050.32831480.26992807X-RAY DIFFRACTION100
3.0505-3.49170.26571480.24512816X-RAY DIFFRACTION100
3.4917-4.39860.18891510.17872854X-RAY DIFFRACTION100
4.3986-43.81970.19481570.17862979X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5227 Å / Origin y: -12.4667 Å / Origin z: -15.2227 Å
111213212223313233
T0.2412 Å2-0.0057 Å2-0.0171 Å2-0.3315 Å20.0084 Å2--0.2931 Å2
L1.2734 °20.6607 °20.1004 °2-1.698 °20.001 °2--1.2307 °2
S-0.0368 Å °0.0133 Å °-0.067 Å °-0.0313 Å °-0.0297 Å °-0.0037 Å °-0.0302 Å °-0.0142 Å °0.0651 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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