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- PDB-6hh3: ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 of Latimeria chalumnae in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hh3
タイトルADP-ribosylserine hydrolase ARH3 of Latimeria chalumnae in complex with ADP-HPD
要素ADP-ribosylhydrolase like 2
キーワードHYDROLASE / ADP-ribosylation / ADP-ribose / ADPRHL2 / ADP-ribosylhydrolase like 2 / ADP-HPD
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine ADP-deribosylation / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / chromosome / mitochondrial matrix / DNA repair / magnesium ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylglycohydrolase fold / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A1R / ADP-ribosylhydrolase ARH3
類似検索 - 構成要素
生物種Latimeria chalumnae (シーラカンス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Ariza, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101794 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: (ADP-ribosyl)hydrolases: Structural Basis for Differential Substrate Recognition and Inhibition.
著者: Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Drown, B.S. / Henfrey, C. / Bartlett, E. / Shirai, T. / Hergenrother, P.J. / Ahel, I.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylhydrolase like 2
B: ADP-ribosylhydrolase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,94510
ポリマ－76,5792
非ポリマー1,3668
水4,666259
1
A: ADP-ribosylhydrolase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9735
ポリマ－38,2901
非ポリマー6834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylhydrolase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9735
ポリマ－38,2901
非ポリマー6834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.850, 98.248, 105.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 353 / Label seq-ID: 2 - 347

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylhydrolase like 2


分子量: 38289.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Latimeria chalumnae (シーラカンス)
遺伝子: ADPRHL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H3BCW1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-A1R / 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / アデノシン5′-二りん酸β-[(3β,4β-ジヒドロキシピロリジン-2α-イル)メチル]


分子量: 542.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N6O12P2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 200 MM AMMONIUM ACETATE, 25 % (W/V), PEG4000, 100 MM CITRATE PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→44.55 Å / Num. obs: 63174 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 2.242 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4589 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.941 / Rrim(I) all: 2.434 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FOZ

2foz


解像度: 1.82→44.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 8.764 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21005 3174 5 %RANDOM
Rwork0.17912 ---
obs0.18072 59898 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.82→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5057 0 86 259 5402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0145353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.6747232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9911.65111517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5255687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.73523.02255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86815930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2931528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5732.8372658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5732.8372657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4944.2433324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4944.2433325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0133.1472695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0123.1472695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1134.6013892
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.54233.6996116
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.46633.6396101
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10872 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.818→1.865 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 217 -
Rwork0.348 4205 -
obs--95.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11170.19350.0881.07760.07950.65090.0179-0.0019-0.09930.0831-0.055-0.0024-0.0144-0.03520.0370.0213-0.01640.0110.1942-0.05020.1334-10.1311.247-9.999
23.45260.8805-0.64841.4268-0.03350.91210.1905-0.34170.3450.0709-0.04970.10770.060.1522-0.14080.0256-0.0130.01810.23980.07980.155416.178-11.75-10.644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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