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- PDB-6hgm: Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant NewBG-III-al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hgm
タイトルCrystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant NewBG-III-allo: an allosterically controlled new binding globulin with an unprecedentedly high ligand release efficacy
要素(Alpha-1-antichymotrypsin) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Serpin / alpha1-Antichymotrypsin / computational protein design / allosteric coupling
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of lipid metabolic process / response to cytokine / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / extracellular matrix / secretory granule lumen ...maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of lipid metabolic process / response to cytokine / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / extracellular matrix / secretory granule lumen / blood microparticle / inflammatory response / Neutrophil degranulation / : / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1-antichymotrypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.369 Å
データ登録者Schmidt, K. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK-1962 ドイツ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: NewBG: A surrogate corticosteroid-binding globulin with an unprecedentedly high ligand release efficacy.
著者: Gardill, B.R. / Schmidt, K. / Muller, Y.A.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1-antichymotrypsin
B: Alpha-1-antichymotrypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,08310
ポリマ－46,7322
非ポリマー3518
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.338, 77.341, 79.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3


分子量: 41983.605 Da / 分子数: 1
変異: L24R, L55V, E242Q, K244N, A251V, L252F, L269S, P270R, K274A, R277G, A349R
由来タイプ: 組換発現
詳細: - all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density - residues following the sequence ..KITLL are part of ...詳細: - all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density - residues following the sequence ..KITLL are part of chain B, as the protein is a family member of serine proteinase inhibitors (serpins) and proteolytically cleaved between KITLL-SALVE
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3


分子量: 4748.613 Da / 分子数: 1 / 変異: P382D, T383H, D384F, Q386W, N387S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011

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非ポリマー , 4種, 421分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M calcium chloride dihydrate, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.369→38.671 Å / Num. obs: 91858 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.44 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.37→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / CC1/2: 0.757 / Rrim(I) all: 0.702

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HGG

6hgg


解像度: 1.369→38.67 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 2099 2.29 %
Rwork0.1682 --
obs0.1685 91853 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.369→38.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 0 14 413 3342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2224287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9481196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3689-1.40070.28921350.27495781X-RAY DIFFRACTION97
1.4007-1.43570.24181360.25035823X-RAY DIFFRACTION98
1.4357-1.47460.23851390.22645925X-RAY DIFFRACTION99
1.4746-1.5180.21041400.21515983X-RAY DIFFRACTION99
1.518-1.5670.23181390.19865964X-RAY DIFFRACTION100
1.567-1.6230.21011390.18815946X-RAY DIFFRACTION99
1.623-1.68790.18851390.17955928X-RAY DIFFRACTION99
1.6879-1.76480.19041400.17525966X-RAY DIFFRACTION100
1.7648-1.85780.18471400.16546009X-RAY DIFFRACTION100
1.8578-1.97420.17991410.15826002X-RAY DIFFRACTION99
1.9742-2.12660.15191390.14945977X-RAY DIFFRACTION99
2.1266-2.34060.15751420.14666031X-RAY DIFFRACTION99
2.3406-2.67920.16751420.15436075X-RAY DIFFRACTION100
2.6792-3.37520.1551420.16066095X-RAY DIFFRACTION99
3.3752-38.68590.19111460.16416249X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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