PDB-6hge: Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant NewBG-I in t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hge

タイトル

Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant NewBG-I in the uncleaved S-conformation

要素

(Alpha-1-antichymotrypsin) x 4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Serpin / alpha1-Antichymotrypsin / computational protein design

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of lipid metabolic process / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Gardill, B.R. / Schmidt, K. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: NewBG: A surrogate corticosteroid-binding globulin with an unprecedentedly high ligand release efficacy.
著者: Gardill, B.R. / Schmidt, K. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hge.cif.gz	300.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hge.ent.gz	241.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hge_validation.pdf.gz	485 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hge_full_validation.pdf.gz	514.4 KB	表示
XML形式データ	6hge_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	6hge_validation.cif.gz	71.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hgdC 6hgfC 6hggC 6hghC 6hgiC 6hgjC 6hgkC 6hglC 6hgmC 6hgnC 1yxaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p0f-d 4zk0-d 6hgg-d 6ftp-d 4c41-d 5om3-d 6hgk-d 1by7-d 2vdy-2 4ic0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Alpha-1-antichymotrypsin

B: Alpha-1-antichymotrypsin

C: Alpha-1-antichymotrypsin

D: Alpha-1-antichymotrypsin

188 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-1-antichymotrypsin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-1-antichymotrypsin

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-1-antichymotrypsin

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Alpha-1-antichymotrypsin

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.000, 124.710, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3 分子量: 46893.504 Da / 分子数: 1 変異: L24R, E242Q, K244N, L269S, P270R, K274N, R277G, P382D, T383H, D384F, Q386W, N387S 由来タイプ: 組換発現詳細: - all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density - dimethyl-lysines (MLY) have been modelled instead of ...詳細: - all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density - dimethyl-lysines (MLY) have been modelled instead of lysines (LYS) when the electron density confirmed the success of the reductive methylation process of surface lysines 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#2: タンパク質	Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3 分子量: 46947.594 Da / 分子数: 1 変異: L24R, E242Q, K244N, L269S, P270R, K274N, R277G, P382D, T383H, D384F, Q386W, N387S 由来タイプ: 組換発現詳細: all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#3: タンパク質	Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3 分子量: 46893.504 Da / 分子数: 1 変異: L24R, E242Q, K244N, L269S, P270R, K274N, R277G, P382D, T383H, D384F, Q386W, N387S 由来タイプ: 組換発現詳細: all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#4: タンパク質	Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3 分子量: 46974.641 Da / 分子数: 1 変異: L24R, E242Q, K244N, L269S, P270R, K274N, R277G, P382D, T383H, D384F, Q386W, N387S 由来タイプ: 組換発現詳細: all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25 % PEG 3350 supplemented with 10 % of a 0.5 M NaF solution, and additional 0.1 ul of a silver bullets bio reagent mixture consisting of thymidine, ...詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25 % PEG 3350 supplemented with 10 % of a 0.5 M NaF solution, and additional 0.1 ul of a silver bullets bio reagent mixture consisting of thymidine, adenosine 3,5-cyclic monophosphate sodium salt monohydrate, sarcosine, 4-aminobenzoic acid, acarbose, inosine, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25 % PEG 3350 supplemented with 10 % of a 0.5 M NaF solution, and additional 0.1 ul of a silver bullets bio reagent mixture consisting of thymidine, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→34.538 Å / Num. obs: 43876 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.86 % / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 15.31
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / R_rim(I) all: 0.581

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YXA

1yxa

解像度: 2.8→34.538 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2624	4387	10 %
R_work	0.1844	-	-
obs	0.192	43864	98.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.538 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11519	0	0	58	11577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11750
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	15889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.322	4319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1838
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2002

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8318	0.3911	130	0.2739	1164	X-RAY DIFFRACTION	87
2.8318-2.8651	0.3151	144	0.2437	1302	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8651-2.9	0.3285	150	0.2289	1346	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9-2.9367	0.3313	143	0.2333	1285	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9367-2.9753	0.324	145	0.228	1309	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9753-3.0161	0.3552	146	0.214	1311	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0161-3.0591	0.2962	150	0.2256	1352	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0591-3.1048	0.3279	142	0.2264	1276	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1048-3.1533	0.3323	145	0.2226	1303	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1533-3.2049	0.2959	149	0.2246	1344	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2049-3.2601	0.3439	145	0.2235	1310	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2601-3.3194	0.316	144	0.2134	1289	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3194-3.3832	0.2977	149	0.2089	1339	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3832-3.4522	0.2896	147	0.203	1325	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4522-3.5272	0.2632	143	0.1872	1291	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5272-3.6091	0.2631	149	0.1905	1335	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6091-3.6993	0.3074	145	0.1853	1313	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6993-3.7992	0.2545	147	0.1874	1320	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7992-3.9108	0.2643	146	0.1799	1314	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9108-4.0369	0.28	148	0.1819	1331	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0369-4.1809	0.2351	147	0.171	1327	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1809-4.348	0.2378	146	0.158	1310	X-RAY DIFFRACTION	99
4.348-4.5455	0.2086	148	0.1543	1335	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5455-4.7846	0.2285	147	0.147	1318	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7846-5.0834	0.2271	147	0.152	1326	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0834-5.4745	0.2312	148	0.1662	1329	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4745-6.0228	0.2471	147	0.1683	1327	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0228-6.8883	0.248	150	0.1807	1347	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8883-8.6559	0.2141	149	0.1713	1345	X-RAY DIFFRACTION	99
8.6559-34.541	0.2067	151	0.1663	1354	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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