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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hf7
タイトルCrystal structure of the adenylate kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus co-crystallized with Tb-Xo4
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Protein crystallization / de novo phasing / nucleation (核生成) / Crystallophore / Tb-Xo4 / molecular glue / Lanthanide complex (ランタノイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / adenylate kinase activity / リン酸化 / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase AdkA / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tb-Xo4 / TERBIUM(III) ION / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Engilberge, S. / Wagner, T. / Santoni, G. / Breyton, C. / Shima, S. / Franzetti, B. / Riobe, F. / Maury, O. / Girard, E.
資金援助 フランス, ドイツ, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyLn23 ANR-13-BS07-0007-01 フランス
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2019
タイトル: Protein crystal structure determination with the crystallophore, a nucleating and phasing agent.
著者: Engilberge, S. / Wagner, T. / Santoni, G. / Breyton, C. / Shima, S. / Franzetti, B. / Riobe, F. / Maury, O. / Girard, E.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,12411
ポリマ－64,4603
非ポリマー1,6638
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.326, 131.326, 88.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 21486.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
参照: UniProt: P43410, adenylate kinase

-
非ポリマー , 5種, 549分子

#2: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb
#3: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 % PEP 629, 50 mM Magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.01M TbXo4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.64 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.64 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→49.48 Å / Num. obs: 55867 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.9 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / Rpim(I) all: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.96→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2823 5.06 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 55803 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0291 Å20 Å20 Å2
2---2.0291 Å20 Å2
3---4.0582 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.96→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4470 0 76 550 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019308HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0716945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2155SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1441HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9308HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion630SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10189SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 182 4.61 %
Rwork0.219 3768 -
all0.2207 3950 -
obs--97.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1606-0.27870.2041.43980.22690.7962-0.0006-0.04560.0512-0.0320.1004-0.2112-0.11580.1185-0.0998-0.1096-0.03250.0189-0.024-0.0477-0.022643.500961.783820.547
21.8254-0.5578-0.78051.68780.3121.9514-0.2001-0.4694-0.08050.31890.2352-0.11530.39160.4534-0.0351-0.08740.1013-0.04180.06250.011-0.166752.196332.810424.7827
31.62710.2344-0.55511.28560.21610.7419-0.0388-0.1108-0.02110.0655-0.00880.10430.0613-0.06410.0477-0.0858-0.0283-0.0018-0.05250.0101-0.066922.591539.112920.4658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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