+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pk5 | |||||||||
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Title | Adenylate kinase from Methanococcus igneus - apo form | |||||||||
Components | Adenylate kinase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / adenylate kinase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information adenylate kinase / adenylate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Methanotorris igneus (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Moon, S. / Kim, J. / Bae, E. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Adenylate kinase from Methanococcus igneus - apo form Authors: Bae, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pk5.cif.gz | 631.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pk5.ent.gz | 532.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pk5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pk5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22501.016 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanotorris igneus (archaea) / Gene: adkA, adk / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P43408, adenylate kinase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 30%
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Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97933 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→48 Å / Num. obs: 60464 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.89 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.08 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 9674 / CC1/2: 0.402 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→31.332 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.51
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→31.332 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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