PDB-6heq: Prion nanobody 484

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6heq

タイトル

Prion nanobody 484

要素

Prion nanobody 484

キーワード

PROTEIN BINDING / Nanobody / aggregation / beta fold

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Soror, S.H. / Abskharon, R.N. / Wohlkonig, A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Structural evidence for the critical role of the prion protein hydrophobic region in forming an infectious prion.
著者: Abskharon, R. / Wang, F. / Wohlkonig, A. / Ruan, J. / Soror, S. / Giachin, G. / Pardon, E. / Zou, W. / Legname, G. / Ma, J. / Steyaert, J.

履歴

登録	2018年8月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6heq.cif.gz	35.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6heq.ent.gz	25.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6heq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6heq_validation.pdf.gz	415.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6heq_full_validation.pdf.gz	417.2 KB	表示
XML形式データ	6heq_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	6heq_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6heq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6heq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6herC 6hhdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xxn-3 7lvu-4 6xxn-5 3qxv-3 2axi-d 6xxn-1 6xxn-4 4dy5-2 1u0q-1 6xxn-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prion nanobody 484

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.040, 37.150, 83.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Prion nanobody 484 分子量: 13360.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.68 % / 解説: plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG4K, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日
放射	モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→17.85 Å / Num. obs: 26127 / % possible obs: 98.19 % / 冗長度: 4.99 % / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.23→1.258 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.23→17.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 0.713 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22398	1382	5 %	RANDOM
R_work	0.19886	-	-	-
obs	0.20009	26127	98.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.23→17.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	929	0	0	95	1024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	948
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.937	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.353	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.398	22.558	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.772	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.48	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.823	1.5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.5	2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.147	3	352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.182	4.5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.226→1.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	113	-
R_work	0.226	1836	-
obs	-	-	96.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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