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万見
- PDB-6he3: Pseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6he3
タイトルPseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)cytidine
要素Serine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Coil-coil / Beta barrel / tRNA Synthetase / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)cytidine / Serine--tRNA ligase / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Pang, L. / De Graef, S. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersG077814N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0A4616N ベルギー
Research Foundation - Flanders1S53516N ベルギー
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases.
著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase
B: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,84812
ポリマ－94,6112
非ポリマー1,23710
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area31410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.006, 122.183, 65.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 47305.516 Da / 分子数: 2 / 断片: Seryl-tRNA Synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: serS, ALP65_01227 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS
参照: UniProt: A0A3P3Q1W7, UniProt: Q9I0M6*PLUS, serine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FZQ / 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)cytidine


分子量: 409.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N5O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. ...詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. Suitable crystals were soaked with 2 mM 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-cytidine in a solution similar to the crystallization condition but containing 22% v/v ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→91.25 Å / Num. obs: 62738 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 214186 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.213.50.60591700.7520.3740.71399.5
6.63-91.253.30.0320350.9980.0190.03699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER1.13-2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model generated using 2DQ3 as a template

2dq3


解像度: 2.16→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2239 3.91 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 57272 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 240.51 Å2 / Biso mean: 52.69 Å2 / Biso min: 30.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9641 Å20 Å22.1753 Å2
2--4.0054 Å20 Å2
3---4.9586 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6089 0 80 343 6512
Biso mean--42.88 56.91 -
残基数----799
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2179SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes943HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6295HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion823SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7457SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6295HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8540HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.19
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 145 3.44 %
Rwork0.1986 4067 -
all0.1995 4212 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.06480.167-0.10170.3936-0.60080.74990.0063-0.0901-0.002-0.1052-0.01590.07410.1512-0.07070.00960.37340.0181-0.00660.48180.01650.364-34.1527-25.09851.5844
20.41840.26860.16272.1722-0.25820.8771-0.1360.1305-0.0777-0.27940.141-0.37930.17050.0731-0.0050.2768-0.01060.04190.3286-0.05120.3409-22.3361-12.18430.8152
31.08490.1886-0.29812.1991-0.37541.3238-0.0776-0.0686-0.08110.18030.0616-0.0007-0.0545-0.08890.01590.27360.0087-0.02830.2811-0.00230.2933-31.8804-5.000715.0247
40.51030.07630.12582.06780.06381.2076-0.08690.038-0.0642-0.11110.09980.10480.1445-0.1346-0.01290.2795-0.0542-0.01990.3334-0.01140.3062-34.5379-13.80436.0017
53.7233-0.8003-2.905300.51963.2380.3161-1.32540.57140.29670.1518-0.8783-0.82480.9973-0.46790.6059-0.1552-0.17990.7394-0.22260.9632-2.787933.923319.5821
65.4760.619-1.13950.58940.82551.9498-0.1116-1.0178-0.13340.310.2943-0.6835-0.37130.5065-0.18270.4177-0.1333-0.14220.4765-0.12250.6034-5.634328.526218.7769
70.4094-0.0649-0.04991.8157-0.44460.8214-0.0258-0.03680.04430.2490.12840.164-0.1756-0.1374-0.10260.290.049-0.01090.32230.01010.2805-36.712314.710913.2071
82.08590.8077-0.78392.2004-0.53371.83940.0449-0.1085-0.01420.2212-0.0007-0.3266-0.14530.1174-0.04420.27180.013-0.09450.2804-0.00980.3532-21.453912.735813.8423
90.8909-0.22090.11761.7533-0.13341.01890.03950.03240.09190.07380.06830.008-0.2475-0.071-0.10780.28220.0441-0.01990.26570.03590.2682-31.505122.69697.6942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|102 }A1 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|103 - A|166 }A103 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|167 - A|281 }A167 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|282 - A|426 }A282 - 426
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|1 - B|42 }B1 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|43 - B|116 }B43 - 116
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|117 - B|213 }B117 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|214 - B|281 }B214 - 281
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|282 - B|426 }B282 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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