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万見
- PDB-6hcn: Adenovirus Type 5 Fiber Knob protein at 1.49A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hcn
タイトルAdenovirus Type 5 Fiber Knob protein at 1.49A resolution
要素(Fiber protein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Fiber / Fiber-knob / tropism determinant / high resolution / structure determination. adenovirus / Mastadenovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Baker, A.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Diversity within the adenovirus fiber knob hypervariable loops influences primary receptor interactions.
著者: Baker, A.T. / Greenshields-Watson, A. / Coughlan, L. / Davies, J.A. / Uusi-Kerttula, H. / Cole, D.K. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4779
ポリマ－61,1423
非ポリマー3356
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.160, 102.440, 77.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA396 - 5801 - 185
21GLNGLNBB396 - 5803 - 187
12GLUGLUAA396 - 5811 - 186
22GLUGLUCC396 - 5811 - 186
13GLNGLNBB396 - 5803 - 187
23GLNGLNCC396 - 5801 - 185

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Fiber protein / SPIKE / Protein IV


分子量: 20299.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11818
#2: タンパク質 Fiber protein / SPIKE / Protein IV


分子量: 20542.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11818
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris, pH 7.0 (condition D4 of PACT premier suite from Molecular Dimensions)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→61.56 Å / Num. obs: 131951 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.838 / Num. unique obs: 9638 / CC1/2: 0.565 / Rrim(I) all: 2.183 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNB

1knb


解像度: 1.49→61.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.205 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23305 6388 4.8 %RANDOM
Rwork0.21091 ---
obs0.21201 125479 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å20 Å2-0 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.49→61.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4310 0 21 409 4740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0144523
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.6576179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9291.6469371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.515579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.53124.715193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88615719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.118159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.0442292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1853.7222291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.561.5762879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.566.1552880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4841.1932231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4841.1932231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6971.7223301
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.6914874
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.2424781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr17.2934508
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.1657
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.29654395
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A57090.1
12B57090.1
21A58260.08
22C58260.08
31B56890.1
32C56890.1
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 450 -
Rwork0.39 9182 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6925-0.11650.50552.5368-0.17690.9579-0.05-0.0338-0.0515-0.02450.04040.1119-0.0044-0.09140.00960.0027-0.00690.01310.1132-0.0050.3788-6.354228.9398-9.5287
22.9982-0.02540.04151.7552-0.78871.3791-0.0686-0.32790.09970.19720.0494-0.0309-0.03750.04520.01930.03530.0157-0.02480.18140.0010.357315.199834.92925.942
31.10740.23040.15651.6299-0.11422.3862-0.05210.04680.1254-0.1173-0.0407-0.1381-0.19580.0260.09280.062-0.01340.00730.10510.02690.42079.170850.4614-15.6567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A396 - 581
2X-RAY DIFFRACTION2B394 - 581
3X-RAY DIFFRACTION3C396 - 581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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