PDB-6hc8: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPA1 (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hc8

タイトル

Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPA1 (313-339)

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

キーワード

GENE REGULATION / NON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX / OXIDOREDUCTASE ANKYRIN / CHANNEL / PROTEIN BINDING / ION CHANNEL / TRPA CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to food / temperature-gated cation channel activity / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / stereocilium bundle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPA1 (313-339)
著者: Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2018年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hc8.cif.gz	168.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hc8.ent.gz	131.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h2kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yde-1 2yc0-1 4b7e-1 3hqd-d 5dt7-3 4ru0-d 1h2m-1 2w0x-1 3d8c-1 6mtw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

E: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

ヘテロ分子

44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

E: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

E: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.860, 86.860, 148.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40415.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unmodelled gap between residues 3 and 9 exclusive. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド	Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 / Ankyrin-like with transmembrane domains protein 1 / Transformation-sensitive protein p120 分子量: 3068.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75762

#1: タンパク質

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase

分子量: 40415.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unmodelled gap between residues 3 and 9 exclusive. / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

#2: タンパク質・ペプチド

Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 / Ankyrin-like with transmembrane domains protein 1 / Transformation-sensitive protein p120

分子量: 3068.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75762

-
非ポリマー , 5種, 153分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH = 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, 6% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→86.86 Å / Num. obs: 45517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 17.7 % / R_merge(I) obs: 2.027 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6544 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.493 / R_rim(I) all: 2.086 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k

解像度: 1.9→74.927 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	2210	4.87 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.1709	45389	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→74.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2841	0	34	147	3022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.766	4104
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.079	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9413	0.3558	134	0.3216	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9413-1.9865	0.299	150	0.2847	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9865-2.0362	0.2749	131	0.2415	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0362-2.0912	0.2483	132	0.2247	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1528	0.2168	143	0.2125	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1528-2.2223	0.2051	146	0.1901	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2223-2.3017	0.1811	132	0.1802	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3017-2.3938	0.2148	136	0.1747	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5028	0.2098	143	0.1677	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5028-2.6348	0.2074	127	0.1715	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6348-2.7998	0.2188	153	0.1748	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7998-3.016	0.1876	129	0.1818	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.3195	0.2041	127	0.1794	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3195-3.7999	0.1765	144	0.1605	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7999-4.7873	0.1312	134	0.127	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7873-74.9853	0.1959	149	0.1762	2936	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2433	0.2021	-0.9523	0.4893	-0.0212	0.3816	-0.1449	1.0769	-0.8523	-0.3359	-0.4811	0.1752	0.2268	-0.4767	0.5413	0.5691	0.0322	0.0674	0.7807	-0.2872	0.7602	-33.0248	7.647	-22.0042
2	3.3978	-0.3755	-1.9257	2.8622	0.1737	2.5253	-0.0462	0.0836	-0.3109	0.0716	0.0504	-0.4018	-0.0021	0.2922	0.011	0.3023	0.0672	-0.0651	0.5318	-0.1734	0.4553	-19.1417	19.8267	-17.2689
3	3.7375	-2.171	-1.2987	9.2621	2.5003	5.4014	-0.5241	-0.9094	-0.1461	1.8495	0.451	0.102	0.4217	0.5743	0.1316	0.6777	0.1026	0.036	0.778	0.0044	0.4915	-32.166	20.3127	6.2716
4	3.5723	-0.2722	-0.5097	1.2534	0.0625	3.7608	-0.1774	-1.1474	-0.7836	0.671	0.0494	-0.4344	0.3731	0.9887	0.1491	0.6079	0.2641	-0.142	0.962	0.0276	0.658	-14.2459	12.6786	-1.5466
5	3.4296	-0.8074	-2.2429	4.6787	0.3837	2.0365	0.4366	-0.332	0.3991	0.116	0.1969	-0.4573	-0.3785	0.3633	-0.5908	0.3379	-0.0222	-0.0118	0.599	-0.1949	0.5631	-17.029	29.7822	-15.668
6	3.4182	-0.589	-2.2183	1.7257	1.2783	3.8494	-0.0401	0.0271	-0.4022	0.179	0.0585	0.0098	0.1336	0.0743	-0.0215	0.2655	0.0258	-0.0264	0.4259	-0.0795	0.3549	-33.8173	21.3021	-7.9974
7	4.7344	-0.1155	-1.6956	1.3714	0.3164	1.9962	0.0096	0.2471	-0.4185	0.1102	-0.0221	-0.0926	0.2033	0.0491	0.019	0.3017	0.0116	-0.0341	0.4973	-0.1475	0.4029	-32.2733	19.193	-12.7026
8	4.7732	-0.3529	-0.5749	4.2336	1.5097	2.4787	0.2594	0.1666	0.6938	-0.5393	0.1683	-0.4628	-0.5859	-0.0349	-0.4257	0.5374	0.0168	0.1346	0.4497	-0.0701	0.5091	-36.9111	40.839	-7.2954
9	9.7166	-2.7979	2.6074	3.8951	-2.1552	4.5403	-0.0428	-0.2173	-0.1566	0.5033	0.09	0.0661	0.2159	0.6135	-0.0629	0.5383	0.0452	0.0824	0.4679	-0.0482	0.335	-50.5146	37.8887	4.9302
10	3.4525	2.6017	-1.3669	2.6244	-0.2969	1.4623	-0.833	0.0167	1.104	0.4606	-0.5951	-0.2879	-1.4137	0.5495	1.3206	1.0271	0.0736	-0.1097	1.0616	-0.1919	0.7332	-36.0412	47.1705	-5.4116
11	5.48	-3.4012	-1.5579	3.0853	-0.4207	2.4131	-0.0547	-0.3853	1.0858	0.4669	0.3041	-1.4547	-0.3409	0.3364	-0.3385	0.6422	-0.0131	-0.137	0.9583	-0.2175	0.9296	-26.9347	32.5578	-3.2283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 167 through 190 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 191 through 247 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 248 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 330 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 331 through 349 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 324 through 328 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 329 through 339 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)